वर्तमान†वर्तमान पता: OX11 0DE, बेलायत, डायमंड बिल्डिंग, हार्वेल विज्ञान व नवाचार पार्क, डाइटकोट, अक्सफोर्डशायर, बेलायत, डायमंड लाइट सोर्स कम्पनी, लिमिटेड, इलेक्ट्रॉनिक जैविक इमेजिंग सेन्टर।
रिएक्सन सेन्टर लाइट-हार्वेस्टिङ कम्प्लेक्स १ (RC-LH1) पर्पल फोटोट्रोफिक ब्याक्टेरियाया मू फोटोसिन्थेटिक कम्पोनेन्ट ख। जिमिसं रोडोप्स्यूडोमोनास पालुस्ट्रिसपाखें आरसी-एलएच १ कम्प्लेक्सया निगू क्रायो-इलेक्ट्रोन माइक्रोस्कोपी संरचना न्ह्यब्वया । आरसी-एलएच११४-डब्लु कम्प्लेक्सया २.६५-Å रेजोलुसन संरचनाय् आरसीयात घेरेयाइगु १४गु सबयुनिट एलएच१ लूप दइ, गुकियात प्रोटिन डब्लुं व्यवधान याइ धाःसा प्रोटिन-डब्लु मदुगु कम्प्लेक्स पूर्ण रुपं आरसीं घेरेयाइगु कम्पोजिसन जुइ। १६ सबयुनिट एलएच१ लूप बन्द जुल । थ्व संरचनाया तुलनां आरसी-एलएच१ कम्प्लेक्सय् क्विनोनया गतिशीलताया अन्तर्दृष्टि बी, गुकिलि आरसी क्यूबी साइटय् क्विनोन बाइन्दिङ यायेबलय् न्हापा अनिर्धारित कन्फर्मेशनल हिउपा, नापं सहायक क्विनोन बाइन्दिङ साइटया थाय् नं ला, गुकिलिं इमित आरसीइ पास यायेत ग्वाहालि याइ। डब्लु प्रोटिनया विशिष्ट संरचनां एलएच १ लूप बन्द जुइगुयात पनेफु, गुकिलिं क्विनोन/क्विनोलोन विनिमययात तीव्रता बीगु छगू च्यानल दयेकि।
प्रकाश संश्लेषणं बीगु उर्जा पृथ्वीइ दक्वं धया थें जीवनयात टिकाउ यायेफु, अले थुकी सौर्य जैव प्रविधिया निंतिं तःधंगु सम्भावना दु । ग्लोबल फोटोसिन्थेसिसयात प्रवर्द्धन यायेगु झ्वलय् पर्पल फोटोट्रोफिक ब्याक्टेरियां नं थीथी ऊर्जा मोड व मेटाबोलिक क्षमता क्यनी । इमिसं प्रकाश संश्लेषणं बचे जुइफु व खिउँथाय् हेट्रोट्रोफिक ब्याक्टेरियाया रुपय् बुयावयेफु, नाइट्रोजन व कार्बन डाइअक्साइडयात फिक्स यायेफु, हाइड्रोजन दयेकेफु, व सुगन्धित यौगिकयात क्षय यायेफु (१-३)। थुगु प्रक्रियाया निंतिं उर्जा बीत, जःयात याकनं व बांलाक रासायनिक उर्जाय् हिलेमाः । थ्व प्रक्रिया जःयात फसे याइगु एन्टेना कम्प्लेक्सं जःयात सोसेया फसे जूगु उर्जायात प्रतिक्रिया केन्द्र (RC)य् स्थानान्तरण यायेबलय् शुरु जुइ, गुकिलिं चार्ज पृथक्करण शुरु जुइ (४ – ७)। बैजनी रंगया फोटोट्रोफिक ब्याक्टेरियाय् फोटोसिन्थेसिसया मू इकाइ टाइप २ आरसीं दयेकिगु या, गुकियात लाइट-हार्वेस्टिङ कम्प्लेक्स १ (एलएच१)ं घेरेयाइ, गुकिलिं आरसी-एलएच१ कोर कम्प्लेक्स दयेकिगु या। एलएच१ वक्र αβ हेट्रोडाइमरया एरें दयेकिगु या, गुकिलिं प्रत्येकं निगु ब्याक्टेरिया क्लोरोफिल (BChl) छगू अणु व छगू वा निगु क्यारोटिनोइद (८-१२)यात बाइन्द याइ। दकलय् सरल LH1 एन्टेनाय् १६ वा १७ αβ हेट्रोडाइमर दइ गुकिलिं आरसी (९-१३)यात बन्द लूपय् घेरेयाइ, तर मेमेगु कोर कम्प्लेक्सय् ट्रान्समेम्ब्रेन पेप्टाइडं घेरेयाइगु LH1 या निरन्तरतायात बाधा याइ , गुकिलिं bRC1c, १३-१५) बैजनी रंगया फोटोट्रोफिक वनस्पति रोडोप्स्युडोमोनास (Rps.) छगू नमूना जीव ख गुकिलिं फोटोसिन्थेसिसयात ग्वाहालि याइगु ऊर्जा व इलेक्ट्रोन हस्तांतरण थुइकेफु। आरपिएसया न्हापांगु क्रिस्टल संरचना । पालुस्ट्रिस आरसी-एलएच१ कम्प्लेक्सया मोडेल आरसी ख, गुकियात १५गु हेट्रोडाइमेरिक एलएच१ लूपं घेरेयाइ, गुकियात “प्रोटिन डब्लु” (१४) धाःगु छगू अज्ञात प्रोटिनं व्यवधान याइ। प्रोटिन-डब्लुयात लिपा आरपीए४४०२या रुपय् म्हसीकल, गुकिलि स्वंगु अनुमानित ट्रान्समेम्ब्रेन हेलिक्स (टीएमएच) (१६) दूगु छगू अनक्यारेक्टरिज्ड १०.५केडीए प्रोटिन ख। जिमिसं rpa4402 जीन एन्कोडिङ प्रोटिन W यात पुफडय् हिलेगु प्रस्ताव यानागु दु गुकिलिं आरसी-एल, एम (pufL, pufM) व LH1α, β (pufA, pufB) सबयुनिट एन्कोडिङ याइगु जीनया निंतिं छ्यलिगु नामांकरणनाप मेल खनी। रोचक खँ छु धाःसा प्रोटिन-डब्लु आरसी-एलएच १ या करिब १०% जक दइ, गुकिं आरपीएसयात क्यनी । पालुस्ट्रिसं निगू बिस्कं बिस्कं आरसि-एलएच१ कम्प्लेक्स दयेकी । थन, जिमिसं निगु कोर कम्प्लेक्सया उच्च-रिजोलुसन क्रायो-ईएम (क्रायो-ईएम) संरचना रिपोर्ट याना, छगू ​​प्रोटिन W व १४ αβ हेट्रोडाइमर दूगु, मेगु प्रोटिन W मदुगु व बन्द १६ हेट्रोडाइमर LH1 लूप दूगु। झीगु संरचनां आरपिएसया आरसि-एलएच१ कम्प्लेक्स थुइकेगुली छगू पलाः हिलेगु प्रतिनिधित्व याइ । palustris, छाय् धाःसा जिमिसं प्रत्येक भेरिएन्तया समरूप जनसंख्याया विश्लेषण यानागु दु व प्रत्येक पेप्टाइड व बाउन्द पिग्मेन्ट व स्वापू दूगु लिपिड व क्विनोनयात स्पष्ट रुपं असाइन यायेत पर्याप्त रिजोलुसन दु। थ्व संरचनाया तुलना यायेबलय् आःतक्क मेगु छुं नं आरसी-एलएच१ कम्प्लेक्सय् मलूगु स्वंगु टिएमएच प्रोटिन-डब्लुं क्विनोन/क्विनोलोन विनिमययात तीव्रता बीत क्विनोन च्यानल दयेकिगु खनेदु। यक्व संरक्षित लिपिड व क्विनोन बाइन्दिङ साइटया पहिचान जूगु दु, व जिमिसं क्विनोन व आरसीया संयोजन धुंका छगू न्हुगु कन्फर्मेशनल हिउपा लुइकागु दु, गुकिलिं अक्सिजनयुक्त फोटोट्रोफिक जीवया फोटोसिस्टम II (PSII) आरसीया निंतिं उपयुक्त जुइफु। जिमिगु निष्कर्षं बैजनी रंगया फोटोट्रोफिक ब्याक्टेरियाया आरसी-एलएच१ कोर कम्प्लेक्सय् क्विनोन/क्विनोलोन बाइन्डिङ व एक्सचेन्जया गतिकीइ न्हुगु अन्तर्दृष्टि बी।
रुपय् लुयावःगु निगू कम्प्लेक्सया विस्तृत अध्ययन यायेत अःपुकेगु निंतिं । palustris, जिमिसं बायोकेमिकल विधिं प्रत्येक RC-LH1 अलग याना । प्रोटिन W-अभाव कम्प्लेक्स (थ्व धुंका ΔpufW धाइ)यात pufW जीन (१६) मदुगु स्ट्रेनं शुद्ध याःगु ख, व छगू जक्क RC-LH1 कम्प्लेक्स दयेकेछिं। प्रोटिन डब्लु- दुगु कम्प्लेक्स छगू प्रजातिं उत्पादन याइ । थ्व स्ट्रेनया प्रोटिन W यात थुकिया C-टर्मिनसय् १०x His ट्याग तया परिमार्जन याइ, गुकिलिं प्रोटिन W-युक्त कम्प्लेक्सयात धातुयात स्थिर याना अप्व अभाव दूगु प्रोटिन W नाप प्रभावकारी रुपं स्वायेछिं। थ्व कम्प्लेक्सयात प्रभावकारी रुपं अलग याइ (१६) एफिनिटी क्रोमेटोग्राफी (आइएमएसी)।
चित्र १ य् क्यनातःकथं निगुलिं कम्प्लेक्सय् एलएच १ एन्टेनां घेरे यानातःगु स्वंगु सब-युनिट आरसी (आरसी-एल, आरसी-एम व आरसी-एच) दु। प्रोटिन-W मदुगु कम्प्लेक्सया २.८०-A संरचनां १६ αβ हेट्रोडाइमर क्यनि, गुकिलिं आरसीयात पूवंक घेरेयाइगु बन्द एलएच१ लूप दयेकिगु या, गुकियात थ्व धुंका आरसी-एलएच११६ कम्प्लेक्स धाइ। प्रोटिन-डब्लु-युक्त कम्प्लेक्सया २.६५Å संरचनाय् प्रोटिन-डब्लुं व्यवधानित १४-हेट्रोडाइमर एलएच१ दइ, गुकियात थ्व धुंका आरसी-एलएच११४-डब्लु धाइ।
(ए व बि) यौगिकया सतहया प्रतिनिधित्व । (सि व डि) रडय् क्यनातःगु स्वानाच्वंगु पिगमेण्ट । (E व F) साइटोप्लाज्मिक सतहं अवलोकन याःगु कम्प्लेक्सय् कार्टुनय् प्रतिनिधित्व यानातःगु पेप्टाइड व LH1 सबयुनिट दइ, व प्रोटिन-W ग्यापं घडीया दिशाय् ल्याः तइ [Rba नम्बरिङ नापं मेल खनी। स्फेरोइड्स कम्प्लेक्स (१३)]। LH1-αया निंतिं प्रोटिन सबयुनिटया रंग ह्याउँसे च्वं; LH1-βया निंतिं प्रोटिन सबयुनिटया रंग वँचुगु जुइ; प्रोटिन-डब्लुया निंतिं प्रोटिन ह्याउँसे च्वं; आरसी-एचया निंतिं थ्व सियान खः; आरसी-एलया निंतिं थ्व सुन्तला खः; आरसी-एमया निंतिं, म्याजेन्टा । कोफाक्टरयात रडं क्यनि, वाउँगु रंगं BChl व BPh a अणु, बैजनी रंगं क्यारोटिनाइड व ह्याउँगु रंगं UQ10 अणुया प्रतिनिधित्व याइ। (जी व एच) आरसी-एलएच११४-डब्लु कम्प्लेक्स (जी) व आरसी-एलएच११६ कम्प्लेक्स (एच) के समकक्ष क्षेत्र में प्रोटिन-डब्लू अन्तराल का परिवर्धित दृश्य। कोफाक्टरयात थाय् जायेकेगु रुपय् क्यनी, चेलेटेड क्विनोनयात वँचुगु रंगं क्यनी । प्रोटिन-डब्लु ग्यापयात (G)य् वँचुगु ड्यास लाइनं हाइलाइट यानातःगु दु, व LH116 रिंगय् क्विनोन/क्विनोलोल डिफ्युज जुइगु चिधंगु होलयात (H)य् हाकुगु ड्यास लाइनं हाइलाइट यानातःगु दु।
चित्र १ (ए व बी)य् एलएच१αβ हेट्रोडाइमरया खुल्ला वा बन्द एरें घेरेयानातःगु आरसी क्यनातःगु दु, गुकिलिं प्रत्येकं निगु बीसीएचएल व छगू क्यारोटिनाइडयात बाइन्द याइ (चित्र १, सी व डी)। न्हापायागु अध्ययनं आरपिएस धयागु एलएच१ कम्प्लेक्स खः धकाः क्यंगु दु । स्पिरुलिना क्सान्थिनया बायोसिन्थेटिक लँपुइ थ्व प्रजातिइ क्यारोटिनोइडया मिश्रित जनसंख्या दइ (१७)। न्ह्याथेसां, स्पाइरोपाइरोक्सान्थिन प्रमुख क्यारोटिनाइड खः अले थुकिया घनत्व सन्तोषजनक जू । उकिं, जिमिसं दक्वं एलएच १ बाइन्डिङ्ग साइटय् स्पाइरोक्सान्थिन मोडेल यायेगु ल्यया । अल्फा व बीटा पोलिपेप्टाइडत चिधंगु झिल्लीया बाह्य क्षेत्र दूगु छगू हे टिएमएच ख (चित्र १, ए, बी, ई, व एफ)। सी-टर्मिनसय् १७गु अवशेषया घनत्व मखंसां निगु हे कम्प्लेक्सय् अल्फा पोलिपेप्टाइड मेट१ निसें अला४६ तक्क क्लिभ जुल। β पोलिपेप्टाइड आरसी-एलएच११६य् Gly4 निसें Tyr52, व RC-LH114-W य् Ser5 निसें Tyr52 तक्क म्हो जुल। ३ वा ४ एन-टर्मिनल वा १३ सी-टर्मिनल अवशेषया घनत्व खने मदु (चित्र S1)। वाइल्ड-टाइप स्ट्रेनं तयार याःगु मिश्रित आरसी-एलएच१ कम्प्लेक्सया मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषणं तनाच्वंगु क्षेत्र थ्व पेप्टाइडया हेटरोलोगस क्लिभेजया लिच्वः ख (चित्र एस १ व एस २)। α-Met1 या N-टर्मिनल फर्माइलेशन नं खनेदत (f)। विश्लेषणं क्यंगु दु कि α-पेप्टाइडय् fMet1 निसें Asp42/Ala46/Ala47/Ala50 तक्कया अवशेष दइ, व β-पेप्टाइडय् Ser2 निसें Ala53 तक्कया अवशेष दइ, गुगु कम तापक्रमया ईएम घनत्व नक्सानाप बांलाक्क मिले जुइ।
α-His29 व β-His36 या समन्वयं BChls यात ख्वाः ख्वाः स्वइ; प्रत्येक αβ हेट्रोडाइमर थःगु जःलाखःला नापं मुनाः आरसीया चाकःलिं खुल्ला लूप (RC-LH114-W) वा बन्द लूप (RC-LH116) दयेकिगु या एक्सिटन कपल्ड पिग्मेन्ट एरे (चित्र १, सी व डी)। आरसी-एलएच११४-डब्लुया ८७७ एनएम ब्याण्डया तुलनाय् आरसी-एलएच११६या ८८० एनएम अवशोषण रेड शिफ्ट ३ एनएम ख (चित्र २क)। तर सर्कुलर डाइक्रोइज्म स्पेक्ट्रम लगभग छगू हे जुइ (चित्र २ ख) गुकिलिं खुल्ला व बन्द लूप दथुइ स्पष्ट अन्तर दुसां बीसीएचएलएसया स्थानीय वातावरण तसकं ज्वःलाःगु संकेत बी। अवशोषण रेडसिफ्ट बन्द लूपय् थर्मल मोसन म्हो जुइगु व स्थिरता अप्वइगुया लिच्वः जुइफु (१८, १९), बन्द लूपं जुइगु पिग्मेन्ट युग्मनय् हिउपाः (२०, २१) वा थ्व निगु प्रभावया संयोजन जुइफु (११)।
(क) अल्ट्राभायोलेट/भिजिबल/नियर-इन्फ्रारेड एब्जर्भसन स्पेक्ट्रम, गुकिया शिखरयात थःगु सम्बन्धित पिग्मेन्टं चिं तयाः ७७५ एनएमय् बीपीएच शिखरय् सामान्यीकरण याइ। (बि) ८०५ एनएमय् बिसिएचएल अवशोषणय् सामान्यीकृत सर्कुलर डाइक्रोइज्म स्पेक्ट्रम । (सी व डी) आरसी-एलएच114-डब्लू कम्प्लेक्स (सी) व आरसी-एलएच116 कम्प्लेक्स (डी) के समय-समाधान अवशोषण स्पेक्ट्रा से चयनित ΔA स्पेक्ट्रा। बांलाःगु तुलना यायेत सकल स्पेक्ट्रायात ०.२ ps य् −A या ∆A य् सामान्यीकरण याइ। (E) UQ2 या थीथी एकाग्रताया उपस्थितिइ विकिरण लिपा साइटोक्रोम c2 अक्सिडेसनया दर (कच्चा तथ्यांकया निंतिं चित्र S8 स्वयादिसँ)। (F) कम, मध्यम वा उच्च तीव्रताया प्रकाश (क्रमशः १०, ३० वा ३००μMm-२ s-१)या अन्तर्गत बुयावःगु कोषय् शुद्धिकरण परिसरय् प्रोटिन W व RC-L सबयुनिट व अलग झिल्ली अनुपात। एसडीएस-पोलियाक्रिलामाइड जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस व इम्युनोएसेया माध्यमं प्रोटिनया स्तर निर्धारण या (कच्चा तथ्यांकया निंतिं चित्र एस९ स्वयादिसँ)। शुद्धिकरण यानातःगु आरसि-एलएच११४-डब्लु कम्प्लेक्सया सापेक्ष अनुपात क्वःछिनादिसँ । कम्प्लेक्सया आरसी-एल व प्रोटिन-डब्लुया स्टोइकिओमेत्रिक अनुपात १:१ ख।
आरसी-एलएच११४-डब्लु (चित्र १, ए, सी, व ई)या विकृत αβ१४ लूपय् १गु थासय् च्वंगु बीसीएचएल आरसी-एलएच११६ (चित्र १, एफ३ व एस३)य् समकक्ष बीसीएचएल स्वया आरसी प्राथमिक दाता (पी)या ६.८Å लिक्क ला; तर निगु कम्प्लेक्सया क्षणिक अवशोषण गतिकीं क्यनि कि आरसी-एलएच११४-डब्लु व आरसी-एलएच११६या निंतिं एलएच१ निसें आरसी तक्क उत्तेजना ऊर्जा हस्तान्तरण ई स्थिरांक ४० ±४ व ४४±३ ps ख (चित्र २)। , सी व डी, चित्र एस ४ व तालिका एस २)। आरसी दुने इलेक्ट्रोनिक हस्तान्तरणय् नं छुं उल्लेखनीय भिन्नता मदु (चित्र एस५ व सम्बन्धित पूरक पाठ)। जिमिसं शंका याना कि एलएच १ व आरसी-पी दथुइ ऊर्जा हस्तांतरण ईया घनिष्ठ पत्राचार निगु एलएच १ लूपय् अप्व बीसीएचएलया समान दूरी, कोण व सम्भावित ऊर्जाया कारणं ख। न्यूनतम दूरीइ थ्यंकेत एलएच १ ऊर्जा स्वरुपया अन्वेषण यायेगु सबअप्टिमल साइटं आरसीइ प्रत्यक्ष ऊर्जा हस्तान्तरण स्वयां याकनं मजूगु खनेदु । आरसी-एलएच११४-डब्लुइ खुल्ला-लूप एलएच१ लूपं संरचनात्मक विश्लेषणया निंतिं म्हो तापक्रमया अवस्थाय् नं तुच्छ थर्मल गति जुइफु, व आरसी १या थासय् βBChlsया पिग्मेन्टेशन दूरीं कोथाया तापक्रमय् ताःहाकःगु αβ१४ रिंग कन्फर्मेशन दइ।
आरसी-एलएच११६ कम्प्लेक्सय् ३२ बीसीएचएल व १६ क्यारोटिनोइड दइ, व थुकिया समग्र व्यवस्था थर्मोक्रोमेटियम (टीच.) पिडपिडम [प्रोटिन डाटा बैंक (पीडीबी) आईडी ५वाई५एस] (९), थियोर्होडोभिडीआर७टी९टी. (१२) व हरित शैवाल (बीएलसी.भिरिडिस) (पीडीबी आईडी ६ईटी५) (१०)। संरेखण धुंका αβ हेट्रोडाइमरया थासय् चिधंगु विचलन जक्क खने दु, विशेष यानाः १-५, १५, व १६ (चित्र S6)। प्रोटिन-डब्लुया उपस्थितिं एलएच १ या संरचनाय् महत्वपूर्ण प्रभाव लाकी । थुकिया स्वंगु टिएमएचत चिधंगु लूपं स्वानाच्वंगु दु, गुकिलि कम्प्लेक्सया लुमेन साइडय् एन-टर्मिनल व साइटोप्लाज्मिक साइडय् सी-टर्मिनल दै (चित्र १ए व ३, ए निसें डी)। प्रोटिन-डब्लु यक्व ल्याखय् हाइड्रोफोबिक जुइ (चित्र ३B), व TMH2 व TMH3 LH1αβ-14 नाप अन्तरक्रिया याना ट्रान्समेम्ब्रेन सतह दयेकि (चित्र ३, B व E to G)। इन्टरफेस मूकथं ट्रान्समेम्ब्रेन क्षेत्रय् फे, ल्यू व भल अवशेषं दयेका तःगु दु । थ्व अवशेषत हाइड्रोफोबिक एमिनो एसिड व αβ-१४ पिगमेन्त नापं स्ट्याक जुइ। छुं ध्रुवीय अवशेषं नं अन्तरक्रियाय् योगदान बी, गुकिलि जटिल गुहाया सतहय् W-Thr68 व β-Trp42 दथुइ हाइड्रोजन बन्ध नं ला (चित्र ३, F व G)। साइटोप्लाज्मया सतहय् Gln34 αβ-14 क्यारोटिनाइडया केतो पुचःया लिक्क ला। थ्व नापं, एन-डोडेसिल β-डी-माल्तोसाइड (β-डीडीएम) अणुया समाधान जुल, व थुकिया हाइड्रोफोबिक पुच्छर प्रोटिन-डब्लु व αβ-१४ दथुया इन्टरफेस तक्क विस्तारित जुल, व लिपिड पुच्छर म्हय् दयेफु। जिमिसं थ्व नं खना कि प्रोटिन डब्लु व आरसीएचया सी-टर्मिनल रिजोलुसन क्षेत्र तसकं लिक्क ला, तर विशिष्ट अन्तरक्रिया दयेकेगु दायराय् मदु (चित्र १, ए व ई)। अथे जुसां थ्व निगु प्रोटिनया अनसुलझी सी-टर्मिनल एमिनो एसिडय् अन्तरक्रिया जुइफु, गुकिलिं आरसी-एलएच११४-डब्लु कम्प्लेक्सया एसेम्बलीया इलय् प्रोटिन-डब्लुया भर्तीया निंतिं छगू संयन्त्र प्रदान यायेफु।
(क) कार्टुनया रुपय् एलएच१αβ१४ नाप इन्टरफेसया सामना याइगु प्रोटिन-डब्लुइ रड आकारया साइड चेन (लाल) दइ, गुकियात इलेक्ट्रोस्ट्याटिक पोटेंशियल डायग्रामया छगू भागय् क्यनि (०.१३या कन्ट्रोल लेभल दूगु पारदर्शी ग्रे सतह)। (बि) प्रोटिन-डब्लुयात हाइड्रोफोबिक रंगीन सतहं प्रतिनिधित्व याइ । ध्रुवीय व चार्ज दूगु थाय् यात सियान रंगं, हाइड्रोफोबिक थाय् यात ह्याउँगु रंगं व तच्वःगु हाइड्रोफोबिक थाय् यात सुन्तला रंगं क्यनातःगु दु। (C व D) कार्टुनय् प्रतिनिधित्व यानातःगु प्रोटिन-W, थुकिया अभिमुखीकरण (A) (C) य् थें हे जुइ, व १८०° (D) चाःहिलेगु याइ। क्रमय् दूगु थाय् कथं विशिष्ट अवशेषतेसं रेनबो रंग योजना काइ, गन एन-टर्मिनल वँचुगु व सी-टर्मिनल ह्याउँगु जुइ। (E) प्रोटिन-W (A) य् थें हे दृश्यय्, व प्रोटिन-W:LH1 या अन्तरफलकय् अवशेषयात संलग्न चिं दूगु रडं प्रतिनिधित्व याइ। (F) प्रोटिन-W कार्टुन प्रतिनिधित्वय् (E) व LH1αβ14 या सापेक्ष ९०° चाःहिलातःगु दु, व बार प्रतिनिधित्वय् इन्टरफेस अवशेषया सापेक्ष। बीटा पोलिपेप्टाइडं ओभरह्याङ्गिङ्ग अवशेषयात लेबल तइ । कोफाक्टरयात चित्र १ या रंगनाप मेल खनिगु बारया रुपय् क्यनातःगु दु, अपघटन जूगु β-DDMयात ग्रे रंगं क्यनातःगु दु, व अक्सिजनयात ह्याउँगु रंगं क्यनातःगु दु। (G) (F) य् दृश्य १८०° चाःहिलातःगु दु, गुकिलि लेबल यानातःगु अल्फा पोलिपेप्टाइडया प्रमुख अवशेष दु।
प्रोटिन-डब्लुं छगू αβ हेट्रोडाइमर (चित्र १F य् १५गु)या थाय् काइ, गुकिलिं लूप बन्द जुइगु व न्हापांगु स्वंगु αβ हेट्रोडाइमरयात झुके जुइगु पनेफु। थ्व अवलोकन जुल कि न्हापांगु αβ-१ हेट्रोडाइमरया फिल्म सामान्यया सापेक्ष अधिकतम झुकाव कोण २५° निसें २९° (चित्र १, ए व ई) ख, गुकियात आरसी ए शार्प कन्ट्रास्ट-एलएच११६ वएफ १, बी)य् αβ-१या २° निसें ८° झुकावं दयेकूगु ख। निगुगु व स्वंगुगु हेट्रोडाइमर क्रमशः १२° निसें २२° व ५° निसें १०° तक्क झुके जुइ। आरसीया स्टेरिक बाधाया कारणं αβ-१या झुकावय् αβया निगूगु जोडी (गुगु चित्र १एफय् १६गु αβ नाप मेल खनि) दुमथ्या, थुकथं एलएच१ रिंगय् स्पष्ट अन्तर दयावइ (चित्र १, ए व ई) । निगु αβ हेट्रोडाइमरया अभावया कारणं, च्यागु BChl व निगु क्यारोटिनोइदया क्षति नापं, छुं नं क्यारोटिनोइद ट्विस्टेड αβ-1 सबयुनिटय् बाइन्द जुइमखु, गुकिया लिच्वः कथं LH114-W रिंग दइ गुकिलि १३ क्यारोटिनाइड शाकाहारी व २८ BChls दइ। αβ1 निसें 7 क्षेत्रय् निगु कम्प्लेक्सया स्थानीय रिजोलुसन अनुमान LH1 लूपया बाँकी स्वया म्हो दु, गुकिलिं आरसी क्यूबी साइट (चित्र ४) नापंया LH1 सबयुनिटया अन्तर्निहित प्लास्टिसिटीयात प्रतिबिम्बित यायेफु।
आरसी-एलएच११४-डब्लु (ए व बी) व आरसी-एलएच११६ (सी व डी) या किपा चित्र १ या छगू हे टप भ्यू/साइड भ्यू (ए व बी) (ए व सी) व क्याभिटी सतहं क्यनातःगु दु ।(बी व डी) । रंगीन ताःचा जवय् क्यनातःगु दु ।
१:१४या स्टोइकिओमेत्रिक अनुपात दूगु मेगु छगू जक्क विशेषता कोर कम्प्लेक्स रोडोकोकस स्फेरोइड्स (Rba.) RC-LH1-PufX डाइमर (१३) ख। अथे जुसां प्रोटिन W व PufX या स्पष्ट होमोलोजी मदु, व थःथःगु LH1 संरचनाय् उल्लेखनीय प्रभाव लाकी। पुफएक्स छगू हे टिएमएच ख गुकिलि एन-टर्मिनल साइटोप्लाज्मिक डोमेन दइ गुकिलिं आरपीएस नाप स्वापू दूगु थासय् आरसी-एच सबयुनिट (१३)या साइटोप्लाज्मिक साइडनाप अन्तरक्रिया याइ। पलुस्ट्रिस एलएच११६αβ-१६। PufX RC-LH1 व साइटोक्रोम bcl कम्प्लेक्स दथुइ क्विनोन/क्विनोलोन विनिमयया निंतिं छगू च्यानल दयेकिगु या व थ्व दक्वं Rba य् दयाच्वनि। स्फेरोइड्स कोर कम्प्लेक्स (१३)। मोनोमर-मोनोमर इन्टरफेस आरबिएय् जूसां । स्फेरोइड्स आरसी-एलएच१-पफएक्स डाइमर आरसी-एलएच११४-डब्लुइ प्रोटिन डब्लुया बाइन्दिङ पोजिसनय् ला, व पफएक्स व प्रोटिन-डब्लुं प्रेरित ग्याप समकक्ष थासय् ला (चित्र एस७ए)। आरसी-एलएच११४-डब्लुइ दूगु ग्याप स्युडोमोनास रोजिया एलएच१या काल्पनिक क्विनोन च्यानल (८) नाप नं संरेखित जुइ, गुकियात प्रोटिन डब्लु वा पफएक्सनाप स्वापू मदुगु पेप्टाइडं दयेकिगु या (चित्र एस७बी)। थ्वयां अप्वः, बिएलसिइ क्विनोन च्यानल । छगू γ सबयुनिट (७)यात त्वःताः दयावःगु पन्ना हरित LH1 छगू हे थासय् ला (चित्र S7C)। थी-थी प्रोटिनं मध्यस्थता याइगु जूसां आरसी-एलएच१ कम्प्लेक्सय् थ्व क्विनोन/क्विनोलोल च्यानलया छगू साझा थासय् खनेदइगु कन्भर्जेन्ट इभोलुसनया दसु खनेदु, गुकिलिं प्रोटिन डब्लुं दयेकूगु ग्यापं क्विनोन च्यानलया रुपय् ज्या यायेफु धकाः संकेत बी।
एलएच११४-डब्लु लूपय् दूगु अन्तरालं आरसी-एलएच११४-डब्लु कम्प्लेक्सया आन्तरिक थाय् व बल्क मेम्ब्रेन (चित्र १जी) दथुइ छगू निरन्तर झिल्ली क्षेत्र दयेकेगु अनुमति बी, प्रोटिनय् थें निगु डोमेनयात प्रोटिन पोरया माध्यमं स्वायेगु स्वया। आरसि-एलएच११६ कम्प्लेक्स बन्द टिसिएच थें खः । मुलु थें जाःगु कम्प्लेक्स (२२) (किपा १एच) मेम्ब्रेनया माध्यमं क्विनोनया प्रसार संकीर्ण प्रोटिन च्यानलया माध्यमं जुइगु प्रसार स्वया याकनं जुइगुलिं खुल्ला एलएच११४-डब्लु लूपं बन्द एलएच११६ लूप स्वया याकनं आरसी टर्नओभर यायेछिं, व आरसीइ क्विनोनया प्रसार अप्व प्रतिबन्धित जुइफु। प्रोटिन डब्लुं आरसीया माध्यमं क्विनोनया रुपान्तरणयात प्रभावित याइ कि मयाइ धकाः परीक्षण यायेत जिमिसं युबिक्विनोन २ (यूक्यू२) (प्राकृतिक युक्यू१०या एनालोग चिहाकःगु आइसोप्रिन पुच्छर दुगु)या छगू निश्चित एकाग्रताय् साइटोक्रोम अक्सिडेसन परीक्षण याना (चित्र २ई)। चेलेटेड क्विनोनया उपस्थितिं स्पष्ट माइकलिस स्थिरांकया सही निर्धारणय् पंगः थनीसां (आरसी-एलएच११४-डब्लु व आरसी-एलएच११६ क्रमशः ०.२±०.१μM व ०.५±०.२μMया निंतिं उपयुक्त दु), आरसी-एलएच११४-६-१)या अधिकतम दर s. आरसी-एलएच११६ (३.६±०.१ ई-आरसी-१ एस-१) स्वया २८±५% तःधं।
जिमिसं न्हापा अनुमान याना कि कोर कम्प्लेक्सया करिब १०% प्रोटिन-डब्लु दयाच्वनि (१६); थन, कम-प्रकाश, मध्यम-प्रकाश, व उच्च-प्रकाश वृद्धि कोषया कब्जा दर क्रमशः १५±०.६%, ११±१% व ०.९±०.५, % (चित्र २F) ख। मास स्पेक्ट्रोमेट्रीया मात्रात्मक तुलना क्यंगु दु कि हिस्टिडिन ट्याग तनेवं वाइल्ड-टाइप स्ट्रेन (P = 0.59)या तुलनाय् प्रोटिन-Wया सापेक्षिक प्रचुरता म्हो मजू, उकिं थ्व स्तर परिमार्जित प्रोटिन-Wया आर्टिफ्याक्ट मखु (चित्र S10)। अथे जुसां आरसी-एलएच१ कम्प्लेक्सय् प्रोटिन-डब्लुया थ्व म्हो कब्जां छुं आरसीयात तीव्र दरं फ्लिप यायेत अनुमति बीफु, गुकिलिं आरसी-एलएच११६ कम्प्लेक्सय् बुलुहुँ क्विनोन/क्विनोलोन विनिमययात म्हो याइ। जिमिसं खना कि उच्च प्रकाश कब्जा दर नकतिनिया ट्रान्सक्रिप्टोमिक्स तथ्यांकलिसे असंगत दु, गुकिं pufW जीन अभिव्यक्ति तच्वःगु प्रकाशय् अप्वइगु संकेत बी (चित्र S11) (23)। pufW ट्रान्सक्रिप्सन व RC-LH1 कम्प्लेक्सय् प्रोटिन-W समावेशया दथुइ अन्तर भ्रमित जुइ व प्रोटिनया जटिल नियमनयात प्रतिबिम्बित यायेफु।
आरसी-एलएच११४-डब्लुइ ६ कार्डियोलिपिन (सीडीएल), ७ फस्फेटिडाइलकोलिन (पीओपीसी), १ फस्फेटिडाइलग्लिसरोल (पीओपीजी) व २९ β-डीडीएम अणु आवंटित याना थुकिलि ६ सीडीएल, २४ पीओपीसी, २ पीओपीजीβ२ व मोडेल दयेकिगु या। आरसी-एलएच११६ (चित्र ५, ए व बी)। थ्व निगु संरचनाय् सीडीएल लगभग कम्प्लेक्सया साइटोप्लाज्मिक पक्षय् ला धाःसा पीओपीसी, पीओपीजी व β-डीडीएम अप्व याना लुमिनल पक्षय् ला। आरसी-एलएच११४-डब्लु कम्प्लेक्सया αβ-१ निसें αβ-६ क्षेत्रय् निगु लिपिड व डिटर्जेन्ट अणु अलग यानातःगु दु (चित्र ५ ए), व आरसी-एलएच११६ या समकक्ष क्षेत्रय् प्यंगु अलग यानातःगु दु (चित्र ५ ख )। कम्प्लेक्सया मेगु पाखे अप्व लिपिड लुयावःगु दु, मू कथं सीडीएल, आरसी व αβ-7 निसें αβ-13 दथुइ मुनाच्वंगु दु (चित्र ५, ए व बी)। मेमेगु संरचनात्मक रुपं समाधान जूगु लिपिड व डिटर्जेन्ट एलएच१ रिंगया पिने ला, व बांलाक्क समाधान जूगु एसिल चेन एलएच१ सबयुनिटया दथुइ विस्तारित जुइ, गुकियात अस्थायी रुपय् आरसी-एलएच११४-डब्लुइ β-डीडीएमया रुपय् नां तःगु दु, व आरसीइ β-डीडीएमया रुपय् परिभाषित याःगु दु A βPOPC1HDM व β-DDM व मिश्रण। झीगु संरचनाय् चेलेटिङ लिपिड व डिटर्जेन्टया समान स्थितिं थ्व संकेत बी कि थ्व शारीरिक रुपं प्रासंगिक बाइन्दिङ साइट ख (चित्र S12A)। टिसिएचय् समकक्ष अणुया स्थितिइ नं बांलाःगु स्थीरता दइ । भद्र व Trv. स्ट्रेन ९७० आरसी-एलएच१एस (चित्र एस१२, बी टु ई) (९, १२) व लिपिड हेड ग्रुपया हाइड्रोजन-बन्धन अवशेषं अनुक्रम संरेखणय् यक्व बांलाःगु संरक्षण क्यंगु दु (चित्र एस१३), गुकिं संकेत याइ कि संरक्षित सीडीएल कि आरसी (२४) नाप स्वापू तइगु संरक्षित सीडीएल, थ्व साइटत कम्पएचआरसी १ य् संरक्षित जुइफु-।
(A व B) RC-LH114-W (A) व RC-LH116 (B) पेप्टाइडयात कार्टुनं क्यनातःगु दु, व पिग्मेन्टयात रडं क्यनातःगु दु, चित्र १ य् रंग योजना छ्येला लिपिडयात ह्याउँगु रंगं क्यनातःगु दु, व डिटर्जेन्टयात ग्रे रंगं क्यनातःगु दु। आरसी क्यूए व क्यूबी साइटय् बाउन्ड जुइगु युक्यू म्हासुगु जुइ, अले आइसोलेटेड युक्यू वँचुगु जुइ । (C व D) (A) व (B) थें हे बिचाः, लिपिड त्वःताः । (ई टु जी) आरसी-एलएच११६ निसें क्यू १ (ई), क्यू २ (एफ) व क्यू ३ (जी) या तःधंगु दृश्य, गुकी छम्हं मेम्हसित प्रभावित याइगु साइड चेन दु । हाइड्रोजन बन्धयात हाकुगु ड्यास लाइनया रुपय् क्यनातःगु दु ।
आरसी-एलएच११६य् चार्ज पृथक्करण प्रक्रियाय् इलेक्ट्रोन हस्तांतरणय् ब्वति काइगु आरसी क्यूए व क्यूबी युक्यू निगुलिं थःगु बाइन्दिङ साइटय् अपघटन जुइ। तर आरसी-एलएच११४-डब्लुइ क्यूबी क्विनोनया समाधान मजूगुलिं क्वय् विस्तारं चर्चा यायेगु जुइ । क्यूए व क्यूबी क्विनोनया नापं निगु चेलेटेड युक्यू अणु (आरसी व एलएच१ रिंगया दथुइ दूगु) आरसी-एलएच११४-डब्लु संरचनाय् इमिगु बांलाक्क समाधान जूगु हेड ग्रुप (क्रमशः क्यू १ व क्यू २ य् दूगु) कथं आवंटित जुइ। खाली थ्या)। किपा ५ सि) निगु आइसोप्रिन इकाइ क्यू १ य् बियातःगु दु, व घनत्व नक्शां क्यू २ या पूवंक १० आइसोप्रिन पुच्छरयात समाधान याइ। आरसी-एलएच११६या संरचनाय् स्वंगु चेलेटेड युक्यू१० अणु (क्यू१ निसें क्यू३, चित्र ५डी) समाधान जुल, व फुक्क अणुया क्वँय् न्यंकं स्पष्ट घनत्व दइ (चित्र ५, डी निसें जी)। निगु संरचनाय् क्यू १ व क्यू २ या क्विनोन हेड ग्रुपया स्थितिइ उत्कृष्ट स्थिरता दइ (चित्र एस १२ एफ), व इमिसं आरसी नाप जक्क अन्तरक्रिया याइ। क्यू १ आरसी-एलएच११४-डब्लुया डब्लु ग्यापया प्रवेशद्वारय् ला (चित्र १जी व ५, सी, डी व ई), व क्यू२ क्यूबी बाइन्डिङ साइट (चित्र ५, सी, डी) व एफया लिक्क ला। संरक्षित L-Trp143 व L-Trp269 अवशेष Q1 व Q2 नाप तसकं लिक्क ला व सम्भावित π-स्ट्याकिङ अन्तरक्रिया प्रदान याइ (चित्र ५, E व F, व चित्र S12)। L-Gln88, Q1 या डिस्टल अक्सिजनं ३.० Å, छगू ​​बल्लाःगु हाइड्रोजन बन्ध बी (चित्र ५E); थ्व अवशेष दकलय् तापाःगु स्वापू बाहेक फुक्क आरसीइ संरक्षित जुयाच्वंगु दु (चित्र S13)। L-Ser91 अप्व मेमेगु RCs य् Thrया थासय् रूढिवादी रुपय् प्रतिस्थापन जुइ (चित्र S13), Q1या मिथाइल अक्सिजनं ३.८ एङ्गस्ट्रोम ख, व कमजोर हाइड्रोजन बन्ध बीफु (चित्र ५E)। क्यू ३ या छुं विशिष्ट अन्तरक्रिया खने मदु, तर आरसी-एम सबयुनिट व एलएच १-α सबयुनिट ५ निसें ६ (चित्र ५, डी व जी)या दथुइ हाइड्रोफोबिक क्षेत्रय् ला। क्यू १, क्यू २ व क्यू ३ बाय् लिक्कया चेलेटेड क्विनोन नं टिसिएचय् समाधान जूगु दु । भद्र, त्रवि। स्ट्रेन ९७० व बीएलसी। आइरिस संरचना (९, १०, १२) आरसी-एलएच१ कम्प्लेक्सय् संरक्षित सहायक क्विनोन बाइन्दिङ साइट क्यनि (चित्र S12G)। आरसी-एलएच११६ य् प्यंगू अपघटन जूगु युक्यू उच्च प्रदर्शन तरल क्रोमेटोग्राफी (एचपीएलसी)पाखें निर्धारित प्रत्येक कम्प्लेक्सया ५.८±०.७ नाप बांलाःगु सहमतिइ दु, जबकि आरसी-एलएच११४-डब्लुइ स्वंगू अपघटन जूगु युक्यू स्वया म्हो दु । ढांचा।
स्युडो-सिमेत्रिक एल व एम पोलिपेप्टाइडय् प्रत्येकय् प्यंगु टिएमएच दइ व छगू हेट्रोडाइमर दयेकि गुकिलि छगू बीसीएचएल डाइमर, निगु बीसीएचएल मोनोमर, निगु ब्याक्टेरियोफेज (बीपीएच) मोनोमर, व छगू नन-हेम आइरन व छगू वा निगु युक्यू१० अणुत स्वानाच्वनि। टर्मिनल केतोन ग्रुपय् हाइड्रोजन बन्धया उपस्थिति व आरपीएसय् थुकिया ज्ञात संचयया माध्यमं क्यारोटिनोइद एम-सबयुनिटय् दुथ्याकिगु या, गुकियात सिस-३,४-डिहाइड्रोरोरोडोपिन नां बियातःगु दु। प्रजाति (२५) आरसि-एचया पिनेया झिल्ली डोमेन छगू हे टिएमएचं झिल्लीइ लंगर तइ । समग्र आरसी संरचना सम्बन्धित प्रजातिया स्वंगु सबयुनिट आरसी (दसु आरबीए) नापं ज्वःला। स्फेरोइड्स (पीडीबी आईडी: 3I4D)। बीसीएचएल व बीपीएचया म्याक्रोसाइकल, क्यारोटिनाइड ब्याकबोन व नन-हीम आइरन थ्व संरचनाया रिजोलुसन रेन्ज दुने ओभरल्याप जुइ, अथे हे क्यूए साइटय् युक्यू१० हेड ग्रुप व आरसी-एलएच११६य् क्यूबी क्विनोन (चित्र एस१५) जुइ।
थी-थी क्यूबी साइट कब्जा दर दूगु निगु आरसी संरचनाया उपलब्धतां क्यूबी क्विनोन बाइन्डिङ नापंया निरन्तर कन्फर्मेशनल हिउपाया जाँच यायेत न्हुगु अवसर प्रदान याइ। आरसी-एलएच११६ कम्प्लेक्सय् क्यूबी क्विनोन पूर्ण रुपं बाध्य “प्रोक्सिमल” थासय् ला (२६), तर आरसी-एलएच११४-डब्लुया पृथक्करणय् क्यूबी क्विनोन मदु। आरसी-एलएच११४-डब्लुइ क्यूबी क्विनोन मदु, गुगु अजूचायापुगु खः छाय् धाःसा थ्व कम्प्लेक्स सक्रिय दु, संरचनात्मक रुपं समाधान जूगु क्यूबी क्विनोन दूगु आरसी-एलएच११६ कम्प्लेक्स स्वया अप्व। निगु एलएच१ रिंगं करिब ६गु क्विनोनयात चेलेट याइ धाःसां बन्द आरसी-एलएच११६ रिंगय् ५गु संरचनात्मक रुपं समाधान जुइ, धाःसा खुल्ला आरसी-एलएच११४-डब्लु रिंगय् स्वंगु जक संरचनात्मक रुपं सीमित जुइ । थ्व अप्वःगु संरचनात्मक विकारं आरसी-एलएच११४-डब्लु क्यूबी साइटया याकनं प्रतिस्थापन, कम्प्लेक्सय् याकनं क्विनोन काइनेटिक्स, व एलएच१ लूप पार यायेगु सम्भावना अप्वइगु प्रतिबिम्बित जुइफु। जिमिसं सुझाव बिया कि आरसी-एलएच११४-डब्लुया आरसी क्यूबी साइटय् युक्यूया अभाव अप्वः जटिल व अप्वः सक्रिय कम्प्लेक्सया लिच्वः जुइफु, अले आरसी-एलएच११४-डब्लुया क्यूबी साइट युक्यू टर्नओभरय् तुरुन्त हे फ्रिज यानातःगु दु विशिष्ट चरण (क्यूबी साइटया प्रवेशद्वार बन्द जूगु दु छगू कन्फर्मेशनया ref.
क्यूबी मदयेक एल-फे२१७या नापंया रोटेशन युक्यू१० बाइन्दिङनाप असंगत जुइगु थासय्, छाय् धाःसा थुकिलिं क्वँय् या न्हापांगु आइसोप्रिन इकाइनाप स्थानिक टक्कर जुइ (चित्र ६क)। थुकिया नापं, स्पष्ट मू कन्फर्मेशनल हिउपाः स्पष्ट दु, विशेष यानाः हेलिक्स डे (टिएमएच डी व ई दथुइ लूपय् चिहाकःगु हेलिक्स) गन एल-फे२१७ क्यूबी बाइन्डिङ पकेटय् स्थानान्तरण जुइ व एल-टायर२२३या रोटेशन (चित्र ६ए ) एम-बी एन्४या बाइन्डिङ व फ्रेमवर्कलिसे हाइड्रोजन बन्धयात त्वाःथलेत । साइट (किपा ६ बि) हेलिक्स डी थःगु आधारय् पिभत जुइ, एल-Ser209या Cα ०.३३Å हिलाच्वनि धाःसा L-Val221Cα ३.५२Å हिलाच्वनि। टिएमएच डी व ईइ अवलोकन यायेबहःगु हिउपाः मदु, गुगु निगु हे संरचनाय् सुपरइम्पोजेबल जुइ (चित्र ६क)। झीसं सिउकथं, प्राकृतिक आरसिइ थ्व न्हापांगु संरचना खः गुकिं क्यूबि साइट बन्द याइ । पूर्ण (क्यूबी-बाउन्द) संरचनानाप तुलना यायेबलय् क्विनोन म्हो जुइ न्ह्यः क्विनोनय् दुहां वनेत छगू कन्फर्मेशनल हिउपाः माः धकाः क्यनि। एल-Phe217 चाःहिलाः क्विनोन हेड ग्रुपनाप π-स्ट्याकिङ अन्तरक्रिया दयेकिगु याइ, व हेलिक्स पिनेपाखे हिलाच्वनि, गुकिलिं एल-Gly222या कंकाल व L-Tyr223या साइड चेनयात स्थिर हाइड्रोजन बन्ध संरचना दूगु हाइड्रोजन बन्ध नेटवर्क दयेकेगु अनुमति बी (चित्र ६, A व C)।
(क) होलोग्राम (एल चेन, सुन्तला/एम चेन, म्याजेन्टा) व एपो (ग्रे) संरचनाया ओभरल्यापिङ कार्टुन, गुकिलि मू अवशेषत रड थें न्याःगु प्रतिनिधित्वया रुपय् क्यनातःगु दु। यूक्यू १० म्हासुगु बारं क्यनी । बिन्दुयुक्त रेखां दक्वं संरचनाय् दयावःगु हाइड्रोजन बन्धयात क्यनी । (B व C) एपोलिपोप्रोटिन व समग्र रिंग संरचनाया सतह प्रतिनिधित्व, क्रमशः L-Phe217या साइड चेन अक्सिजनयात नीलः व L-Tyr223यात ह्याउँगु रंगय् हाइलाइट यानातःगु दु। एल सबयुनिट सुन्तला रंगया जुइ; एम व एच सबयुनिटय् रंग मदु । (डी व ई) एपोलिपोप्रोटिन (डी) व पूर्ण (ई) आरसी क्यूबी साइट [क्रमशः (ए) द्वारा रंग] व थर्मोफिलस थर्मोफिलस पीएसआईआई (प्लास्टिक क्विनोन के साथ हरियो, नील; पीडीबी आईडी: 3WU2) संरेखित (58)।
अप्रत्याशित रुपं एलएच १ मदुगु क्यूबी-अभाव दूगु आरसीया यक्व संरचनात उपलब्ध जूसां थ्व अध्ययनय् खनेदूगु कन्फर्मेशनल हिउपाःया बारेय् थ्व स्वया न्ह्यः रिपोर्ट मजूनि। थुकी बिएलसिपाखें क्यूबि डिप्लेसन स्ट्रक्चर दुथ्याः । विरिडिस (पीडीबी आईडी: 3पीआरसी) (27), टीसीएच। टेपिडम (पीडीबी आईडी: १ईवाईएस) (२८) व आरबीए। स्फेरोइड्स (पीडीबी आईडी: १ओजीभी) (२९), थ्व फुक्कं लगभग थःगु समग्र क्यूबी संरचना थें हे ख। ३पीआरसीया कडा निरीक्षणं एलडीएओ (लौरिल डाइमेथाइल एमाइन अक्साइड) डिटर्जेन्ट अणुत क्यूबी पोजिसनया प्रवेशद्वारय् बाइन्ड जुइगु खने दु, गुकिलिं बन्द कन्फर्मेशनय् पुनर्व्यवस्थापनयात पनेफु। एलडीएओ १ईवाईएस वा १ओजीभीइ छगू हे थासय् अपघटन जुइमखुसां थ्व आरसी छगू हे डिटर्जेन्ट छ्यला दयेकिगु या व उकिं छगू हे प्रभाव पिकायेफु। आरबिएया क्रिस्टल संरचना । साइटोक्रोम सी२ (पीडीबी आईडी: १एल९बी) नापं को-क्रिस्टलाइज जुइगु स्फेरोइड्स आरसी नं बन्द क्यूबी साइट दूगु खनेदु। अथे जुसां थ्व अवस्थाय् आरसी-एम पोलिपेप्टाइडया एन-टर्मिनल क्षेत्र (क्यू हेलिक्सय् टायर अवशेषया एच बन्धया माध्यमं क्यूबी बाइन्दिङ साइटनाप अन्तरक्रिया याइगु) अप्राकृतिक संरचनायात नालाकाइ, व क्यूबी संरचनागत हिउपायात अझ अप्व अन्वेषण याइमखु (३० )। आश्वस्त जुइगु खँ छु धाःसा झीसं आरसी-एलएच११४-डब्लु संरचनाय् एम पोलिपेप्टाइडया थुज्वःगु विकृति मखनानि, गुगु आरसी-एलएच११६ आरसीया एन-टर्मिनल क्षेत्र थें हे जुइ । थ्व नं लुमंके माःगु दु कि डिटर्जेन्टय् आधारित एलएच १ एन्टेना उन्मूलन जुइधुंका पीडीबीइ एपोलिपोप्रोटिन आरसीत समाधान जुल, गुकिलिं आरसी व वरपरया एलएच १ रिंगया दुनेया सतहया दथुइ दूगु आन्तरिक क्विनोन पुल व लिपिडत मदया वन (३१, ३२)। आरसी क्रियाशील जुयाच्वनि छाय् धाःसा थुकिलि अपघटन जुइगु क्यूबी क्विनोन बाहेक फुक्क कोफाक्टरत दयाच्वनि, गुगु कम स्थिर जुइ व तयारी प्रक्रियाय् प्रायः मदया वनि (३३)। थ्व नापं, थ्व ज्ञात दु कि आरसीं एलएच १ व प्राकृतिक चक्रीय लिपिड लिकायेबलय् ज्याय् लिच्वः लायेफु, गथेकि चार्ज-अलग जूगु पी+क्यूबी-अवस्थाया आयु म्हो जुइगु (३१, ३४, ३५)। उकिं जिमिसं अनुमान याना कि आरसीयात घेरे यानातःगु स्थानीय एलएच १ रिंगया अस्तित्वं “बन्द” क्यूबी साइटयात कायम यायेफु, गुकिं यानाः क्यूबी लिक्कया स्थानीय वातावरण संरक्षण जुइफु ।
एपोलिपोप्रोटिन (क्यूबी क्विनोन मदयेक) व पूवंक संरचनां क्यूबी साइटया टर्नओभरया निगु स्न्यापशट जक्क प्रतिनिधित्व याइ, घटनाया श्रृंखला स्वया, बाइन्दिङयात हाइड्रोक्विनोनं रिबाइन्दिङ मजुइकेत गेट यायेछिं धका संकेत दु To inhibit substrate inhibition। एपोलिपोप्रोटिनया क्यूबी साइटया लिक्क क्विनोलोल व क्विनोनया अन्तरक्रिया फरक जुइफु, गुकिलिं आरसीं थुकियात अस्वीकार याइ। क्विनोनया बाइन्दिङ व रिडक्सनय् कन्फर्मेशनल हिउपाःया भूमिका दइ धकाः ताःई न्ह्यःनिसें प्रस्ताव यानातःगु दु । खिउँगु अनुकूलन धुंका क्विनोन म्हो यायेगु फ्रोजन आरसीया क्षमता म्हो जुइ (३६); एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफीं थ्व क्षति क्यूबी क्विनोन सक्रिय प्रोक्सिमल स्थितिं करिब ४.५ Å “डिस्टल” कन्फर्मेशनय् फसे जुइगुलिं जुइगु क्यनि (२६) , ३७)। जिमिसं सुझाव बिया कि थ्व डिस्टल बाइन्दिङ कन्फर्मेशन एपोलिपोप्रोटिन व पूर्ण रिंग संरचना दथुइ दथुया अवस्थाया छगू स्न्यापशट ख, गुकिलि क्विनोननापया प्रारम्भिक अन्तरक्रिया व क्यूबी साइटया उलेज्याया लिपा जुइ।
छुं फोटोट्रोफिक ब्याक्टेरिया व साइनोब्याक्टेरिया, शैवाल व वनस्पतिया पीएसआईआई कम्प्लेक्सय् खनेदूगु टाइप II आरसीया संरचनात्मक व कार्यात्मक संरक्षण दु (३८)। चित्र ६ (डी व ई) य् क्यनातःगु संरचनात्मक संरेखणं पीएसआईआई आरसी व ब्याक्टेरिया आरसी कम्प्लेक्सया क्यूबी साइट दथुइ समानतायात बः बियातःगु दु। थ्व तुलना ताःई न्ह्यःनिसें क्विनोन बाइन्दिङ व रिडक्सनया लिक्क स्वापू दूगु प्रणालीया अध्ययनया निंतिं छगू मोडेल जुयाच्वंगु दु। न्हापाया प्रकाशनं कन्फर्मेशनल हिउपाः क्विनोनया पीएसआईआई म्हो जुइगु नापं जुइगु सुझाव ब्यूगु दु (३९, ४०)। अतः, आरसीया विकासवादी संरक्षणयात बिचाः याना थ्व न्हापा अवलोकन मजूगु बाइन्दिङ संयन्त्र अक्सिजनयुक्त फोटोट्रोफिक वनस्पतिइ पीएसआईआई आरसीया क्यूबी साइटय् नं लागू जुइफु।
Rps ΔpufW (अनलेबल pufW डिलिसन) व PufW-His (C-टर्मिनल १०x His-ट्याग प्रोटिन-W प्राकृतिक pufW लोकस से व्यक्त) स्ट्रेन। palustris CGA009 झीगु न्हापाया ज्याय् (१६) वर्णन यानातःगु खः । थ्व स्ट्रेन व आइसोजेनिक वाइल्ड-टाइप पेरेन्टयात फ्रिजं PYE (प्रत्येक ५ g लिटर -१) (-80 °C य् LB य् भण्डारण यानातःगु, ५०% ( w/v) ग्लिसरोल) प्रोटिन, खमीर अर्क व सुक्सिनेट (%) agar/w [15] य् म्हो ल्याखय् कोषयात स्ट्रिक याना लुइकल। प्लेटयात एनारोबिक अवस्थाय् कोथाया तापक्रमय् खिउँथाय् चान्हय् इन्क्यूबेट यानातःगु ख, व अनंलि ओएसराम ११६-डब्लु ह्यालोजन बल्ब (आरएस कम्पोनेन्ट, युके)ं बियातःगु ह्याउँगु जः (~५० μmolm-२ s-१) नापं ३ निसें ५ न्हु तक्क छगू हे कोलोनी खनेदयेक प्रकाशित यानातःगु ख। छगू हे कोलोनी छ्यला १० एमएल एम२२+ माध्यम (४१) ०.१% (w/v) क्यासामिनो एसिड (थनं लिपा एम२२ धकाः धाइ)या पूरक इनोक्यूलेसन याःगु ख। थ्व कल्चरयात ३४° सेल्सियसय् खिउँथाय् १८० आरपीएमय् ४८ घण्टा तक्क हिला कम अक्सिजनया अवस्थाय् बुइकल, व अनंलि ७० एमएल कल्चरयात व हे अवस्थाय् २४ घण्टा तक्क इनोक्यूलेसन यात। १ एमएलया आयतन दूगु सेमि-एरोबिक कल्चर छ्यला ३० एमएल एम२२ माध्यमयात ३० एमएल युनिभर्सल स्क्रू-टप ट्रान्सपरेन्ट ग्लास बोतलय् इनोक्यूलेसन याइ व ४८ घण्टाया निंतिं स्टेरिइल चुम्बकीय बल Stirring rod पाखें आन्दोलन (~५०μmolm-२ s-१) नापं विकिरणित याइ। अनंलि ३० एमएल कल्चरयात व हे अवस्थाय् करिब १ लिटर कल्चर इनोक्यूलेसन यानातःगु ख, गुकियात ~२०० μmolm-२ s-1 य् ७२ घण्टाया निंतिं प्रकाशित करिब ९ लिटर कल्चर इनोक्यूलेसन यायेत छ्यःगु ख। कोषयात ७१३२ आरसीएफय् ३० मिनेटया निंतिं सेन्ट्रिफ्युगेसन याना कटाई याना ~१० एमएल २० एमएम ट्रिस-एचसीएल (pH ८.०)य् पुनःसस्पेन्ड याना -२०°Cय् माःगु ई तक्क भण्डारण यानातःगु ख।
गलायेधुंका पुनःनिलम्बित कोषय् डियोक्सिराइबोन्युक्लिज I (मर्क, युके), लाइसोजाइम (मर्क, युके) व निगु रोच होलोएन्जाइम प्रोटिज इन्हिबितर ट्याब्लेट (मर्क, युके)या छुं क्रिस्टल तयादिसँ। २०,००० psi फ्रेन्च प्रेसर सेल (अमिन्को, अमेरिका)य् ८ निसें १२ क्वः तक सेलत व्यवधानय् लाःगु खः । १८,५०० आरसीएफय् ४ डिग्री सेल्सियसय् १५ मिनेटया निंतिं सेन्ट्रिफ्युगेसन यानाः अखण्ड कोष व अघुलनशील मलमूत्र लिकायेधुंका ४३,००० डिग्री सेल्सियसय् २ घण्टा ११३,००० आरसीएफय् सेन्ट्रिफ्युगेसन यानाः पिग्मेन्टेड लाइसेटं मेम्ब्रेनयात प्रेसिपिटेट याःगु ख। घुलनशील अंशयात वांछ्वया रंगीन झिल्लीयात १०० निसें २०० एमएल २० एमएम ट्रिस-एचसीएल (पीएच ८.०)य् हाकनं सस्पेन्ड याना होमोजेनाइज यानादिसँ गुबले तक छुं नं खनेदइगु एग्रीगेट मदइ। निलम्बित झिल्लीयात २० एमएम ट्रिस-एचसीएल (pH ८.०) (एनाट्रेस, अमेरिका)य् २% (w/v) β-DDM दूगु ४°C य् १ घण्टा खिउँथाय् हल्का हिलाबुला यानाः इन्क्यूबेट यानातःगु खः । अनंलि ७०° सेल्सियसय् सेन्ट्रिफ्युज याना १५०,००० आरसीएफयात ४° सेल्सियसय् १ घौ तक्क घोलन याना अवशिष्ट अघुलनशील पदार्थ लिकायेगु या।
ΔpufW तनाबं घुलनशील झिल्ली ५० एमएल DEAE सेफारोज आयन विनिमय स्तम्भय् बाइन्डिङ बफरया स्वंगु स्तम्भ भल्युम (सीभी) [२० एमएम ट्रिस-एचसीएल (पीएच ८.०) ०.०३% (w / v) β-DDM] दुगु] लागू याःगु खः । निगु सीभी बाइन्दिङ बफरं कोलमयात सिलेगु, व लिपा ५० एमएम एनएसीएल दूगु निगु बाइन्दिङ बफरं कोलमयात सिलेगु या। आरसी-एलएच११६ कम्प्लेक्सयात १.७५ सीभीइ १५० निसें ३०० एमएम एनएसीएल (बाइन्दिङ बफरय्)या रेखीय ग्रेडिएन्तं एलुतेट याःगु ख, व ल्यंदूगु बाइन्दिङ कम्प्लेक्सयात ०.५ सीभीइ ३०० एमएम एनएसीएल दूगु बाइन्दिङ बफरं एलुतेट याःगु ख। २५० निसें १००० एनएमया दथुइ अवशोषण स्पेक्ट्रम मुंकाः ८८० निसें २८० एनएमय् १ स्वया अप्व अवशोषण अनुपात (A880/A280) दूगु अंश तयादिसँ, बाइन्डिङ बफरय् निक्व पातला यानादिसँ, व DEAE कोलम On purification य् हाकनं व हे प्रक्रिया छ्यलादिसँ। १.७ स्वया अप्व A880/A280 अनुपात व ३.० स्वया अप्व A880/A805 अनुपात दूगु अंशयात पातला यानाः स्वंगुगु चरणया आयन विनिमय यायेगु, व A880/A280 अनुपात २.२ स्वया अप्व व A880/A805 अनुपात ० स्वया अप्व दूगु अंशयात तयातयेगु। आंशिक रुपं शुद्धिकरण परिसरयात एमिकोन १००,००० आणविक तौल कट-अफ (एमडब्लुसीओ) केन्द्रापसारक फिल्टर (मर्क, युके)य् ~२ एमएल तक्क केन्द्रित यानातःगु ख, व सुपरडेक्स २०० १६/६०० आकारया बहिष्करण स्तम्भ (जीई हेल्थकेयर, युएस)य् बफर eC m thelume in य् लोड यानातःगु ख। १.५ सिभि आकार बहिष्करण अंशया अवशोषण स्पेक्ट्रा संकलन या, व अवशोषण स्पेक्ट्रायात २.४ स्वया अप्व A880/A280 अनुपात व A880/A805 अनुपात ५.८ निसें १०० A880 स्वया अप्व केन्द्रित या, व तुरुन्त हे क्रायो-TEM ग्रिड तयारी वा भण्डारणया निंतिं छ्यलेगु Keep at -C°80.
PufW-His स्ट्रेनं वःगु सोलुबिलाइजिंग मेम्ब्रेनयात २० एमएल HisPrep FF Ni-NTA सेफारोज कोलम (२० एमएम ट्रिस-एचसीएल (pH ८.०) गुकिलि २०० एमएम NaCl व ०.०३% (w/w)) IMAC बफर ( GEcare)य् तःगु ख। v) β-डीडीएम]। स्तम्भयात आइएमएसी बफरया प्यंगू सीभीं धुनाबिल, व अनंलि १० एमएम हिस्टिडिन दूगु आइएमएसी बफरया प्यंगू सीभीं धुनाबिल। कोर कम्प्लेक्सयात १०० एमएम हिस्टिडिन दूगु न्यागू आइएमएसी बफरं कोलमं एलुट याःगु खः । आरसी-एलएच११४-डब्लु कम्प्लेक्स दूगु अंशयात एमिकोन १००,००० मेगाडब्लुसीओ फिल्टर (मर्क, युके) नापं सुसज्जित हिलातःगु ट्यांकीइ ~१० एमएल तक्क केन्द्रित याइ, बाइन्डिङ बफरं २० पटक पातला याइ, व अनंलि २५ एमएल coCVn are fourse to, न्ह्यः हे । च्यागू सीभी बाइन्डिङ बफरं स्तम्भयात सिलेगु, अनंलि ० निसें १०० एमएम NaCl (बाइन्डिङ बफरय्)या रेखीय ग्रेडिएन्टय् ८गु सीभीइ कम्प्लेक्सयात एलुट यायेगु, व ल्यं दुगु च्यागू सीभीइ १०० एमएम बाइन्डिङ बफर दूगु अवशिष्ट कम्प्लेक्स एलुटेड कम्प्लेक्स A8de0 नापं । २.४ स्वया अप्व व ४.६ स्वया अप्व A880/A805 अनुपात अंश छगू एमिकोन १००,००० MWCO केन्द्रापसारक फिल्टरय् ~२ एमएल तक केन्द्रित जुल, व अग्रिम १.५ सीभी आईएमएसी भरे जुल बफर इक्विलिब्रेटेड सुपरडेक्स २०० सिफ्लुजेन ओभर १६/६० द एक्सलुजेन व द एक्सलुजेन । १.५ सिभि आकार-बहिष्करण अंशया अवशोषण स्पेक्ट्रा संकलन यानाः २.१ स्वया अप्व A880/A280 अनुपात व A880/A805 अनुपात ४.६ निसें १०० A880 स्वया अप्व दूगु अवशोषण स्पेक्ट्रा केन्द्रित या, गुकियात तुरुन्त हे फ्रोजन TEM ग्रिड तयारीया निंतिं छ्यलिगु या वा -80°C आवश्यकता तक्क भण्डारण याइ।
म्ह्व तापक्रमया टिइएम ग्रिड दयेकेत लाइका इएम जिपि इमर्शन फ्रिजर छ्यःगु खः । थ्व कम्प्लेक्सयात आइएमएसी बफरय् ५०या ए८८० तक्क पातला याना ५μl न्हुगु ग्लो-डिस्चार्ज जूगु क्वान्टिफोइल १.२/१.३ कार्बन-लेपित कपर मेस (अगर साइन्टिफिक, युके)य् लोड याना ५μl तःगु ख। ग्रिडयात २०°C व ६०% सापेक्षिक आर्द्रताय् ३० s तक्क इन्क्युबेट यानादिसँ, अनंलि ३ s तक्क ब्लट ड्राई यानादिसँ, व अनंलि -१७६°Cय् तरल इथेनय् क्वेन्च यानादिसँ।
आरसी-एलएच११४-डब्लु कम्प्लेक्सया तथ्यांक टाइटन क्रियोस माइक्रोस्कोपं ईबीआईसी (इलेक्ट्रोनिक बायोइमेजिङ सेन्टर) (ब्रिटिश डायमण्ड लाइट सोर्स)य् रेकर्ड याःगु खः, गुकिं ३००केभीया एक्सिलेरेटिङ भोल्टेजय् ज्या याइ, गुकिया नोमिनल म्याग्निफिकेशन १३०,००० of gap a-V व डाटा संकलन यायेत काउन्टिङ मोडय् किपा रेकर्ड यायेत के२ पीक डिटेक्टर दुगु गटन ९६८ जिआईएफ क्वान्टम छ्यःगु खः । क्यालिब्रेटेड पिक्सेल साइज १.०४८Å ख, व डोज रेट ३.८३ e-Å-२s-१ ख। ११ सेकेण्डय् संकिपा मुंकाः ४० ब्वय् ब्वथलाः । माइक्रोस्कोपयात हाकनं केन्द्रित यायेत कार्बन लेपित थाय् छ्यलादिसँ, अले छगू प्वालय् स्वंगू मूभि मुंकादिसँ । मुक्कं ३१३० संकिपा संकलन याःगु खः, गुकिया डिफोकस मू -१ व -३μm दथुइ दु ।
आरसी-एलएच११६ कम्प्लेक्सया तथ्यांक एस्टरबरी बायोस्ट्रक्चर प्रयोगशाला (युनिभर्सिटी अफ लीड्स, बेलायत)य् व हे माइक्रोस्कोप छ्यला संकलन याःगु खः । थ्व तथ्यांक १३० kया म्याग्निफिकेशन नापं काउन्टिङ मोडय् संकलन याःगु ख, व पिक्सेल आकारयात ४.६ e-Å-2s-1या डोज नापं १.०६५ Å तक्क क्यालिब्रेट याःगु ख। थुगु संकिपा १२ सेकेण्डय् रिकर्ड यानाः ४८ गू ब्वय् ब्वथलाः रिकर्ड याःगु खः । मुक्कं ३३५९ संकिपा संकलन याःगु दु, गुकिया डिफोकस मू -१ व -३μm दथुइ दु।
दक्वं डाटा प्रोसेसिङ्ग रेलियन ३.० पाइपलाइनय् याइ (४२) । डोज वेटिङं बीम मोशनयात भिंकेत Motioncorr २ (४३) छ्यलादिसँ, व अनंलि CTFFIND ४.१ (४४) छ्यला CTF (कन्ट्रास्ट ट्रान्सफर फंक्सन) प्यारामिटर निर्धारण यानादिसँ। थ्व प्रारम्भिक प्रशोधन चरण धुंका विशिष्ट फोटोमाइक्रोग्राफ चित्र २ य् क्यनातःगु दु।S16. स्वचालित ल्यज्या टेम्प्लेट २५० पिक्सेलया फ्रेमय् १००० कणया करिब २५० पिक्सेलयात म्यानुअली ल्ययाः व छुं नं सन्दर्भ निगु आयामी (२डी) वर्गीकरण मयासे दयेकिगु या, गुकिलिं नमूना प्रदूषण पूवंकीगु वा छुं नं कथंया स्पष्ट विशेषता मदुगु वर्गीकरणयात अस्वीकार याइ। अनंलि, फुक्क माइक्रोफोटोग्राफय् स्वचालित चयन याःगु ख, व आरसी-एलएच११४-डब्लु ८,४९,३५९ कण, व आरसी-एलएच११६ कम्प्लेक्स ४,७६,५४७ कण खने दु। फुक्क ल्ययातःगु कणतयेसं निगु चरणया गैर-सन्दर्भ २डी वर्गीकरण याःगु दु, व प्रत्येक रन धुंका कार्बन क्षेत्र, नमूना प्रदूषण, स्पष्ट विशेषता मदुगु वा तच्वःगु ओभरल्याप जुइगु कणत पूवंकीगु कणत अस्वीकार जुइ, गुकिया लिच्वः कथं ७७२,०३३ (९०.९%) व ३५९,६७८ डी वर्गीकरणया छ्यलाबुला जुइ। आरसी-एलएच११४-डब्लु व आरसी-एलएच११६ क्रमशः। प्रारम्भिक थ्रीडी रेफरेन्स मोडेल स्टोकास्टिक ग्रेडिएन्ट डिसेन्ट विधि छ्यलाः दयेकूगु खः । प्रारम्भिक मोडेलयात सन्दर्भया रुपय् छ्यला ल्ययातःगु कणयात थ्रीडीइ प्यंगू श्रेणीइ ब्वथलातःगु दु । थ्व श्रेणीइ दूगु मोडेलयात सन्दर्भया रुपय् छ्यला दकलय् तःधंगु श्रेणीइ दूगु कणय् ३डी रिफाइनिङ यायेगु, अनंलि प्रारम्भिक १५Å लो-पास फिल्टर छ्यला विलायक क्षेत्रयात त्वपुइगु, ६ पिक्सेलया सफ्ट एज तनेगु, व पिक्सेलयात पोस्ट-प्रोसेस यानाः गटन के२ टप फन्क्सनया गटन के२ टप फन्क्सनयात सही यायेगु। आरसी-एलएच११४-डब्लु डाटासेटया निंतिं थ्व प्रारम्भिक मोडेलयात मास्कया किनाराय् च्वंगु बल्लाःगु घनत्वयात चीकाः परिमार्जन याःगु खः (यूसीएसएफ चिमेराय् कोर कम्प्लेक्स डेन्सिटीपाखें विच्छेद यानातःगु) । थुकिया लिच्वःया मोडेल (आरसी-एलएच११४-डब्लु व आरसी-एलएच११६या रिजोलुसन क्रमशः ३.९१ व ४.१६ Å ख)यात थ्रीडी वर्गीकरणया निक्वःगु चरणया निंतिं सन्दर्भया रुपय् छ्येलिगु या। छ्यःगु कणत प्रारम्भिक ३डी वर्गय् पुचलय् तयातःगु दु व जःलाखःलालिसे क्वातुगु सहसंबंध मदु । ओभरल्याप बाय् स्पष्ट संरचनात्मक विशेषताया अभाव । थ्रीडी वर्गीकरणया निगूगु चरण लिपा दकलय् अप्वः रिजोलुसन दुगु श्रेणी ल्यःगु खः [आरसी-एलएच११४-डब्लुया निंतिं छगू श्रेणी ३७७,७०३ कण (४४.५%) खः, आरसी-एलएच११६ या निंतिं निगू श्रेणी जक दु, कुल २६०,७५२ कणत W. छुं भचा अन्तर दुगु प्रारम्भिक रोटेशन लिपा] । ल्ययातःगु कणयात ४०० पिक्सेलया बक्सय् हाकनं पिकायेगु व थ्रीडी रिफाइनिङ यानाः परिष्कृत यायेगु याइ । प्रारम्भिक १५Å लो-पास फिल्टर, ३ पिक्सेल नक्सा विस्तार व ३ पिक्सेल सफ्ट मास्क छ्यला सोल्भेन्ट मास्क दयेकिगु या। प्रति कण सीटीएफ परिष्करण, प्रति कण गति सुधार व प्रति कण सीटीएफ परिष्करणया निगूगु चरण छ्यला प्रत्येक चरण धुंका थ्रीडी परिष्करण, विलायक मास्किङ व पोस्ट प्रोसेसिंग याना लिच्वःया बनावटयात अझ परिष्कृत याइ। एफएससी (फुरियर शेल सहसंबंध गुणांक) ०.१४३या कट-अफ भ्यालु छ्यला आरसी-एलएच११४-डब्लु व आरसी-एलएच११६या अन्तिम मोडेलया रिजोलुसन क्रमशः २.६५ व २.८०Å ख। अन्तिम मोडेलया एफएससी वक्र चित्र २ य् क्यनातःगु दु ।
सकल प्रोटिन अनुक्रम युनिप्रोटकेबी: एलएच१-β (पुएफबी; युनिप्रोट आइडी: क्यू६एन९एल५) निसें डाउनलोड जुइ; एलएच १-α (पुएफए; युनिप्रोटिआइडी: क्यू६एन९एल४); आरसी-एल (प्यूएफएल; युनिप्रोट आईडी: ओ८३००५); आरसी-एम (प्यूएफएम; युनिप्रोट आईडी: ए०ए४जेड७); आरसी-एच (पुहए; युनिप्रोट आईडी: ए०ए४जेड९); प्रोटिन-डब्लू (प्यूएफडब्लू; युनिप्रोट आइडी: क्यू६एन१के३)। आरसीया होमोलोजी मोडेल दयेकेगु निंतिं स्विस-मोडेल (४५) छ्यःगु ख, गुकिलि आरसी-एल, आरसी-एम व आरसी-एचया प्रोटिन सिक्वन्स व आरबीएया क्रिस्टल संरचना दइ। स्फेरोइड्स आरसीयात टेम्प्लेटया रुपय् छ्यःगु खः (पिडिबि आइडि : ५एलएसइ) (४६) । युसीएसएफ चिमेराय् “फिट नक्सा” उपकरण छ्यला उत्पन्न मोडेलयात नक्साय् फिट यानादिसँ (४७), प्रोटिन संरचनाय् सुधार यानादिसँ, व कोफाक्टर [४×बीसीएल ए (मोनोमर लाइब्रेरी रेसिड्यु नां = बीसीएल), २×बीपीएच ए (बीपीएच), छगू ​​वा निगु प्रकारया युक्यू१० (यू१०), छगू ​​गैर-हेम व ३,४-डाइहाइड्रोहेक्साकार्बोनिलकोलिन (क्यूएके)] कूट (४८) छ्यला तनेगु या। मोनोमर लाइब्रेरीइ क्यूएके मदुगुलिं थुकियात फिनिक्स (४९)य् eLBOW टूल छ्यला प्यारामिटर दयेकूगु खः ।
लिपा, एलएच १ सबयुनिट दयेकल । न्हापा न्हापा फिनिक्स (४९)य् दूगु स्वचालित निर्माण उपकरण छ्यला नक्सा व एलएच१-α व एलएच१-β प्रोटिन अनुक्रमयात इनपुटया रुपय् छ्यला एलएच१ अनुक्रमया छुं भाग स्वतः निर्माण याःगु ख। दकलय् पूर्ण एलएच १ सबयुनिट ल्ययाः थुकियात पिकायेगु व कूटय् लोड यायेगु, थुकी तनाच्वंगु अनुक्रमयात म्यानुअली तनेगु, अले निगु बीसीएल ए (बीसीएल) व छगू स्पिरिलोक्सान्थिन (सीआरटी) तये न्ह्यः म्यानुअली मुक्कं संरचनायात परिष्कृत यायेगु [सम्बन्धित आरपीएस कथं एलएच १ कम्प्लेक्सया घनत्व व ज्ञात क्यारोटेनया सामग्री। प्रजाति (१७)]। पूवंक एलएच १ सबयुनिटया प्रतिलिपि दयेकि, अले एलएच १ घनत्वया लिक्कया गैर-मोडेल क्षेत्रय् डक यायेत युसीएसएफ चिमेरा “डकिङ म्याप टूल” छ्यलादिसँ, अले थुकियात कूटय् परिष्कृत यानादिसँ; दक्वं एलएच १ सबयुनिट मोडेल मजूतले प्रक्रिया दोहरे या । आरसी-एलएच११४-डब्लु संरचनाया निंतिं कूटय् अविभाजित घनत्व पिकाना युएससीएफ चिमेरा नक्शाय् ल्यं दूगु गैर-प्रोटिन कम्पोनेन्तं प्रोटिनयात सेग्मेन्ट याइ व प्रारम्भिक मोडेल स्थापित यायेत अटोबिल्ड उपकरण छ्येलि, व ल्यं दूगु सबयुनिट (प्रोटिन-डब्लु) मोडेलिङ याइ। फिनिक्स (४९) य् । कूट (४८)य् लिच्वःया मोडेलय् छुं नं तनाच्वंगु अनुक्रम तनादिसँ, व अनंलि मुक्कं सबयुनिटयात म्यानुअली परिष्कृत यानादिसँ। ल्यं दुगु अनअलोकट डेन्सिटी लिपिड (सीडीएलया पीडीबी मोनोमर लाइब्रेरी आइडी = सीडीएल, पीओपीसी = ६पीएल व पीओपीजी = पीजीटी), β-डीडीएम डिटर्जेन्ट (एलएमटी) व युक्यू१० अणु (यू१०)या संयोजनय् फिट जुइ। मोडेलया तथ्यांक व फिटया दृश्य गुणस्तरयात अझ बांलाके मफुतले पूर्ण प्रारम्भिक मोडेलयात परिपूर्ण यायेत फिनिक्स अप्टिमाइजेसन (४९) व कूट (४८) य् म्यानुअल अप्टिमाइजेसन छ्यलादिसँ। अन्तय्, स्थानीय नक्सायात तीक्ष्ण यायेत LocScale (५०) छ्येला, व अनंलि अनअलोकटेड डेन्सिटी व स्वचालित व म्यानुअल अनुकूलनया मोडेलिङया मेमेगु यक्व चक्र या।
थःथःगु घनत्व दुने डक यानातःगु सम्बन्धित पेप्टाइड, कोफाक्टर व मेमेगु लिपिड व क्विनोन चित्र १ व २ य् क्यनातःगु दु S18 निसें S23। लिपांगु मोडेलया तथ्यांकीय जानकारि तालिका एस १ स क्यनातःगु दु ।
मेगु कथं निर्दिष्ट मजूतले, युभि/भिस/एनआईआर अवशोषण स्पेक्ट्रायात २५० एनएम निसें १००० एनएम तक्क १ एनएमया अन्तरालय् व ०.१s या एकीकरण ईलय् क्यारी६० स्पेक्ट्रोफोटोमीटर (एजिलेन्ट, अमेरिका)य् संकलन याःगु ख।
नमूनायात २ मिमी पथ दूगु क्वार्ट्ज क्यूभेटय् १ या ए८८० तक पातला यानादिसँ, व ४०० निसें १००० एनएमया दथुइ अवशोषण स्पेक्ट्रम मुंकि। सर्कुलर डाइक्रोइक स्पेक्ट्रायात २० एनएम मिन-१या स्क्यान रेटय् ४०० एनएम व ९५० एनएमया दथुइ १ एनएमया अन्तरालय् जास्को ८१० स्पेक्ट्रोपोलारिमिटर (जास्को, जापान)य् संकलन याःगु ख।
मोलार विलुप्त जुइगु गुणांक कोर कम्प्लेक्सयात करिब ५०या A880य् पातला याना निर्धारण याइ।१०μl आयतनयात ९९०μl बाइन्दिङ बफर वा मेथनोलय् पातला याना, व BChl अपघटन म्हो यायेत तुरुन्त हे अवशोषण स्पेक्ट्रम मुंकि। प्रत्येक मेथनोल नमूनाया बीसीएचएलया मात्रा ५४.८ एमएम-१ सेमी-१या ७७१ एनएमय् विलुप्त जुइगु गुणांकं गणना यानाः विलुप्त जुइगु गुणांक निर्धारण याःगु खः (५१) । मापिगु बीसीएचएलया एकाग्रतायात ३२ (आरसी-एलएच११४-डब्लु) वा ३६ (आरसी-एलएच११६) भाग याना कोर कम्प्लेक्स एकाग्रता निर्धारण याइ, गुकियात लिपा बफर विलुप्त जुइगु गुणांकय् मुंकातःगु व हे नमूनाया अवशोषण स्पेक्ट्रम निर्धारण यायेत छ्यलिगु या। समानान्तर। प्रत्येक नमूनाया निंतिं स्वकः बारम्बार मापन याःगु खः, व गणनाया निंतिं BChl Qy अधिकतमया औसत अवशोषण छ्यःगु खः । ८७८ एनएमय् मापेयाःगु आरसी-एलएच११४-डब्लुया विलुप्त जुइगु गुणांक ३२८०±१४० एमएम-१ सेमी-१ ख धाःसा ८८० एनएमय् मापेयाःगु आरसी-एलएच११६या विलुप्त जुइगु गुणांक ३८००±३० एमएम-१ सेमी-१ ख।
(५२) या बिधि कथं यूक्यू१० या परिमाणन याःगु खः । संक्षेपय् धायेगु खःसा रिभर्स फेज एचपीएलसी (आरपी-एचपीएलसी) एजिलेन्ट १२०० एचपीएलसी प्रणाली छ्यला याःगु खः । ०.०२% (w/v) फेरिक क्लोराइड दुगु ५०:५० मेथनोल:क्लोरोफर्मया ५०μl य् आरसी-एलएच११६ वा आरसी-एलएच११४-डब्लुया करिब ०.०२ एनएमओल घुलनशील यानादिसँ, व प्रि-इक्विलिब्रेटेड बेकम्यान कोल्टर अल्ट्रास्फीयर एमएम६ मिन-१ य् इन्जेक्सन यानादिसँ। ×२५ सेमि स्तम्भय् एचपीएलसी विलायक (८०:२० मेथनोल:२-प्रोपानोल)य् ४०°से. २७५ एनएम (यूक्यू१०), ४५० एनएम (क्यारोटिनोइड) व ७८० एनएम (बीसीएचएल)य् १ घण्टाया निंतिं अवशोषणया अनुगमन यायेत एचपीएलसी विलायकय् आइसोक्रेटिक एलुसन यायेगु। २५.५ मिनेटय् २७५ एनएम क्रोमेटोग्रामय् दूगु शिखरयात एकीकृत याःगु ख, गुकिलि मेमेगु छुं नं पत्ता लगे यायेछिंगु यौगिक मदु। एकीकृत क्षेत्रफल ० निसें ५.८ एनएमओएल तक्कया शुद्ध मापदण्डया इन्जेक्सनं गणना याःगु क्यालिब्रेशन वक्रया सन्दर्भय् पिकाःगु युक्यू१०या मोलर मात्राया गणना यायेत छ्यलिगु या (चित्र एस१४)। प्रत्येक नमूनायात स्वंगु प्रतिलिपिइ विश्लेषण याःगु ख, व रिपोर्ट जूगु त्रुटि औसतया एसडीनाप मेल खनि।
३० μM रिड्युस्ड हर्स हार्ट साइटोक्रोम c2 (मर्क, युके) व ० निसें ५० μMUQ2 (मर्क, युके) नापं ०.१या अधिकतम Qy अवशोषण दूगु RC-LH1 कम्प्लेक्स दूगु छगू समाधान दयेकल। प्रत्येक युक्यू२ एकाग्रताय् स्वंगु १-एमएल नमूना तयार यानाः मापन याये न्ह्यः खिउँथाय् पूर्ण अनुकूलन सुनिश्चित यायेत ४ डिग्री सेल्सियसय् खिउँथाय् चान्हय् इन्क्यूबेट यानातःगु खः । थ्व समाधानयात ३०० एनएम फ्लेम/५०० लाइन ग्रेटिङ, १.२४ एमएम इनलेट, ०.१२ एमएम दथुइ व ०.६ एमएम आउटलेट स्लिट दूगु ओलिस आरएसएम१००० मोडुलर स्पेक्ट्रोफोटोमीटरय् लोड याःगु खः । नमूना फोटोट्युब व रेफरेन्स फोटोमल्टिप्लायर ट्युबया प्रवेशद्वारय् ६०० एनएम ताःहाकःगु पास फिल्टर तयाः उत्तेजना प्रकाशयात पिने तइ । ०.१५ एसया एकीकरण ई नापं ५५० एनएमय् एब्जर्बेन्सया अनुगमन याःगु खः । उत्तेजना प्रकाश ८८० एनएम एम८८०एफ२ एलईडी (लाइट इमिटिङ डायोड) (थोरल्याब्स लिमिटेड, बेलायत)पाखें ९०% तीव्रताय् फाइबर अप्टिक केबलया माध्यमं डीसी२२०० कन्ट्रोलर (थोरल्याब्स लिमिटेड, बेलायत)या माध्यमं पिहां वइ व ९०°या कोणय् प्रकाश स्रोतय् पिहां वइ । न्हापां नमूनां सोसे मयाःगु छुं नं जःयात लित बीत मापन बीम न्हाय् कंया विपरीत जुइ । ५० एसया जः वये न्ह्यः १० एसया एब्जर्बेन्सया अनुगमन या । अनंलि क्विनोलोलं स्वतःस्फूर्त रुपं साइटोक्रोम c23 + गुलि हद तक म्हो याइ धकाः मूल्यांकन यायेत खिउँथाय् ६० s तक्क अवशोषणया थप अनुगमन याःगु ख (कच्चा तथ्यांकया निंतिं चित्र S8 स्वयादिसँ)।
०.५ निसें १० एसया दुने रेखीय प्रारम्भिक दर (यूक्यू२ एकाग्रताया आधारय्) फिट यानाः प्रत्येक युक्यू२ एकाग्रताय् स्वंगुलिं नमूनाया दर औसत यानाः तथ्यांकयात संसाधन याःगु खः । सम्बन्धित विलुप्त जुइगु गुणांकं गणना याःगु आरसी-एलएच१ एकाग्रतायात दरयात उत्प्रेरक दक्षताय् हिलेत छ्यःगु खः, गुकियात ओरिजिन प्रो २०१९ (ओरिजिनल्याब, अमेरिका)य् प्लट यानाः माइकलिस-मेन्टेन मोडेलय् फिट यानाः स्पष्ट किमि व केकेटी मूल्य निर्धारण याःगु खः ।
क्षणिक अवशोषण मापनया निंतिं आरसी-एलएच१ नमूनायात ५० एमएम सोडियम एस्कोर्बेट (मर्क, अमेरिका) व ०.४ एमएम टेर्बुटिन (मर्क, अमेरिका) दूगु आइएमएसी बफरय् ~२μM तक्क पातला यानातःगु ख। एस्कॉर्बिक एसिडयात बलिदानया इलेक्ट्रोन दाताया रुपय् छ्येलिगु या, व टर्ट-बुटाक्लोफेनयात क्यूबी इन्हिबितरया रुपय् छ्येलिगु या गुकिलिं मापन प्रक्रियाया दथुइ मू आरसी दाता म्हो जुयाच्वनि (अर्थात फोटोअक्सिडाइज जुइमखु)। करिब ३ एमएल नमूना २ मिमी अप्टिकल पथया लम्बाइ दूगु कस्टम रोटेटिङ सेल (लगभग ०.१ मीटर व्यास, ३५० आरपीएम)य् तया लेजर पथय् दूगु नमूनायात उत्तेजना पल्स दथुइ खिउँगु अनुकूलनया निंतिं पर्याप्त ई दइगु सुनिश्चित याइ। ~१००-fs लेजर पल्स छ्येला Ti: नीलम लेजर सिस्तम (स्पेक्ट्रा फिजिक्स, अमेरिका)यात एम्प्लिफाइ यायेत १ kHz (एनआईआरया निंतिं २० nJ वा Visया निंतिं १०० nJ)या पुनरावृत्ति दरय् ८८० nm य् नमूनायात उत्तेजित यायेगु या। डाटा मुंके न्ह्यः, नमूनायात ३० मिनेट ति उत्तेजना जःया संपर्कय् तयादिसँ । एक्सपोजरं यानाः क्यूए निष्क्रिय जुइ (सम्भवतः क्यूए छक्वः बाय् निक्वः म्ह्व जुइ) । तर कृपया ध्यान बियादिसँ कि थ्व प्रक्रिया रिभर्सिबल जुइ छाय् धाःसा ताःईतकया खिउँगु अनुकूलन लिपा आरसी बुलुहुँ क्यूए गतिविधिइ लिहां वइ । -१० निसें ७००० ps तकया लिबाःगु ई दूगु क्षणिक स्पेक्ट्रा मापे यायेत हेलियोस स्पेक्ट्रोमिटर (अल्ट्राफास्ट सिस्टम, अमेरिका) छ्यःगु ख। डाटा सेटयात अनग्रुप यायेत सर्फेस एक्सप्लोरर सफ्टवेयर (अल्ट्राफास्ट सिस्टम, अमेरिका) छ्यलेगु, अनंलि मर्ज व स्ट्यान्डर्डाइज यायेगु । क्षयनाप स्वापू दूगु डिफरेन्सियल स्पेक्ट्रा प्राप्त यायेत संयुक्त डाटा सेट छ्येलेत कार्पेटभ्यू सफ्टवेयर प्याकेज (लाइट कन्भर्सन लिमिटेड, लिथुआनिया) छ्येला, वा छगू फन्क्सन छ्येला गुकिलिं उपकरण प्रतिक्रिया नापं यक्व एक्सपोनेन्टतेत कन्भोल्भ याइ गुकिलिं ओरिजिनला (ओरिजिन)य् सिंगल-वेभलेन्थ स्पेक्ट्रल इभोलुसनयात फिट याइ।
थन न्ह्यथनातःकथं (५३) आरसी व पेरिफेरल एलएच२ एन्टेना निगुलिं मदुगु एलएच १ कम्प्लेक्स दुगु फोटोसिन्थेटिक फिल्म तयार याःगु खः । थ्व झिल्लीयात २० एमएम ट्रिस (pH ८.०)य् पातला याना २ एमएमया अप्टिकल पथ दूगु क्वार्ट्ज क्युभेटय् लोड यानातःगु ख। ३०nJ लेजर पल्स छ्यला ५४० nm य् नमूनायात -१० निसें ७००० ps तक्कया डिले टाइम नापं उत्तेजित याःगु ख। आरपिएसया निंतिं वर्णन यानातःकथं डाटा सेटयात प्रोसेस या । पासा नमूना ।
थ्व झिल्लीयात १५०,००० आरसीएफय् २ घण्टा ४°से.य् सेन्ट्रिफ्युगेसन याना पेलेट यानातःगु ख, व अनंलि ८८० एनएमय् थुकिया अवशोषणयात २० एमएम ट्रिस-एचसीएल (पीएच ८.०) व २०० एमएम एनएसीएलय् पुनःसस्पेन्ड यानातःगु ख। २% (w/v) β-DDM य् १ घण्टा खिउँथाय् ४°C य् बुलुहुँ हिला मेम्ब्रेनयात घुलनशील यानादिसँ। नमूनायात १०० एमएम ट्राइएथिलामोनियम कार्बोनेट (पीएच ८.०) (टीईएबी; मर्क, युके)य् २.५ एमजी एमएल-१ प्रोटिनया एकाग्रताय् पातला याना (बायो-रेड विश्लेषण) याःगु ख। न्हापा प्रकाशित विधि (५४) निसें थप प्रशोधन याःगु ख, ५० μg प्रोटिनयात १% (w/v) सोडियम लौरेट (Merck, UK) दूगु मुक्कं ५० μl TEAB य् पातला यायेगु शुरु याःगु ख। ६० एसया निंतिं सोनिकेशन यायेधुंका ५ एमएम ट्रिस (२-कार्बोक्साइथाइल) फस्फिन (मर्क, युके) ३७° सेल्सियसय् ३० मिनेटया निंतिं म्हो यानातःगु ख। एस-एल्काइलेसनया निंतिं नमूनायात १० एमएम मिथाइल एस-मिथाइलथियोमेथेनसल्फोनेट (मर्क, युके) नाप इन्क्युबेट याना २०० एमएम आइसोप्रोपानोल स्टक सोलुसनं १० मिनेटया निंतिं कोथाया तापक्रमय् तयेगु या। प्रोटिओलाइटिक पाचन २ μg ट्रिप्सिन/एन्डोप्रोटिनेज Lys-C मिश्रण (प्रोमेगा युके) तया ३७°C य् ३ घण्टा इन्क्युबेट याना याःगु ख। लौरेट सतहया क्रियाशील पदार्थ ५० μl एथाइल एसिटेट व १० μl १०% (v/v) एलसी ग्रेड ट्राइफ्लोरोएसिटिक एसिड (TFA; थर्मो फिशर साइन्टिफिक, युके) तयाः ६० s तक्क भर्टेक्स यानाः पिकाःगु ख। १५,७०० आरसिएफय् ५ गू मिनेटया निंतिं सेन्ट्रिफ्युगेशन यानाः फेज पृथक्करणयात प्रवर्द्धन याःगु खः । निर्माताया प्रोटोकल कथं पेप्टाइड दुगु क्वय् या चरणयात बांलाक एस्पिरेट व डिसाल्ट यायेत सी १८ स्पिन कोलम (थर्मो फिशर साइन्टिफिक, बेलायत) छ्यःगु खः । भ्याकुम सेन्ट्रिफ्युगेसनं सुके यायेधुंका नमूनायात ०.५% टिएफए व ३% एसिटोनाइट्रिलय् घुलनशील याना ५०० एनजीयात न्हापा विस्तृत रुपं बियातःगु सिस्टम प्यारामिटर छ्यला मास स्पेक्ट्रोमेट्री नापं नैनोफ्लो आरपी क्रोमेटोग्राफीं विश्लेषण याःगु ख।
प्रोटिन म्हसीका व परिमाणनया निंतिं म्याक्सक्वान्ट v.1.5.3.30 (56) छ्यला Rps मालेगु या। पालुस्ट्रिस प्रोटिओम डाटाबेस (डब्लूब्लु.यूनिप्रोट.ओर्ग/प्रोटिओम्स/यूपी००००१४२६)। मास स्पेक्ट्रोमेट्री प्रोटिओमिक्स डाटायात प्राइड पार्टनर रिपोजिटरी (http://proteomecentral.proteomexchange.org) मार्फत डाटासेट आइडेन्टिफायर PXD020402 अन्तर्गत प्रोटिओमएक्सचेन्ज एलायन्सय् जमा याःगु दु ।
इलेक्ट्रोस्प्रे आयनाइजेसन मास स्पेक्ट्रोमेट्री नापं आरपीएलसीं विश्लेषणया निंतिं वाइल्ड-टाइप आरपीएसं आरसी-एलएच१ कम्प्लेक्स तयार याःगु खः । न्हापा प्रकाशित विधि (१६) छ्यला पालुस्ट्रिस कोषय् उत्पादित प्रोटिनया एकाग्रता २० एमएम हेपेस (पीएच ७.८), १०० एमएम एनएसीएल व ०.०३% (w/v) β- (बायो-रेड विश्लेषण) ) डीडीएमय् २ एमजी एमएल-१ ख। निर्माताया प्रोटोकल कथं २डी शुद्धिकरण किट (जीई हेल्थकेयर, अमेरिका) छ्यला प्रेसिपिटेशन विधिं १० μg प्रोटिन पिकायेगु, व प्रेसिपिटेटयात २० μl ६०% (v / v) फर्मिक एसिड (FA), २०% (v / v) एसिटोनाइट्रिल/ २०% water (water)य् घोलन यायेगु। ५ माइक्रोलिटरया विश्लेषण आरपीएलसी (डायोनेक्स आरएसएलसी) नापं मास स्पेक्ट्रोमेट्री (म्याक्सिस युएचआर-टिओएफ, ब्रुकर) नापं याःगु ख। ६०°C व १००μlmin -१ य् पृथक्करणया निंतिं म्याबप्याक १.२×१०० मिमी स्तम्भ (थर्मो फिशर साइन्टिफिक, युके) छ्यलादिसँ, ८५% (v / v) विलायक A [०.१% (v / v) FA व ०.०२% (V/v / v) विलायन B5 a [०.१%(v/v) FA व ९०%(v/v) एसिटोनाइट्रिल TFA य् ०.०२%(v/v)] ६० मिनेट स्वया अप्व ई तक्क स्ट्यान्डर्ड इलेक्ट्रोस्प्रे आयनाइजेसन स्रोत व डिफल्ट प्यारामिटर छ्येला मास स्पेक्ट्रोमिटरं १०० निसें २७५० m/z (मास-टु-चार्ज रेसियो) प्राप्त याइ। एक्सप्यासि बायोइन्फर्मेटिक्स रिसोर्स पोर्टल फाइन्डपेप्ट टूल (https://web.expasy.org/findpept/) या ग्वाहालिं कम्प्लेक्सया सबयुनिटय् मास स्पेक्ट्रमया नक्सा दयेकि।
कोषयात १०० एमएल एनएफ-कम (१०μMm-२ s-१), मध्यम (३०μMm-२ s-१) वा उच्च (३००μMm-२ s-१) प्रकाशय् ७२ घण्टा तक्क बुइकल। एम २२ माध्यम (एम २२ माध्यम गुकिलि एमोनियम सल्फेट त्वःताः सोडियम सुक्सिनेटया थासय् सोडियम एसिटेट तइ) १०० एमएलया पेच-टप बोतलय् (२३)। प्यंगू ३०-एस चक्रय् ०.१ माइक्रोन ग्लासया मणियात १:१या आयतन अनुपातय् मणि तयाः कोषयात लाइज यानाः ५ मिनेटया निंतिं च्वापुइ चिकुइकेगु याइ । अघुलनशील पदार्थ, अखण्ड कोष व ग्लास बिड्सयात बेन्चटप माइक्रोसेन्ट्रिफ्युजय् १० मिनेटया निंतिं १६,००० आरसीएफय् सेन्ट्रिफ्युगेसन यानाः लिकाःगु ख। थ्व झिल्लीयात २० एमएम ट्रिस-एचसीएल (पीएच ८.०)य् १००,००० आरसीएफ दूगु टि ७०.१ रोटरय् ४०/१५% (w/w) सुक्रोज ग्रेडिएन्त नापं १० घण्टाया निंतिं अलग यानातःगु ख।
झीगु न्हापाया ज्याय् वर्णन यानातःकथं, पफडब्लू (१६) य् हिज ट्यागया इम्युनोडेक्सन । संक्षेपय् धायेगु खःसा २x एसडीएस लोडिङ बफर (मर्क, युके)य् शुद्धिकरण यानातःगु कोर कम्प्लेक्स (११.८ एनएम) वा आरसीया समान एकाग्रता दूगु मेम्ब्रेन (कम जूगु अन्तर स्पेक्ट्रमयात घटा यानाः अक्सिडेसनं निर्धारण याइ व दाग दूगु जेलय् भार मिले यानाः निर्धारण याइ)यात २x एसडीएस लोडिङ बफर (मर्क, युके)य् निक्व: पातला याइ। प्रोटिनयात प्रतिकृति १२% बिस-ट्रिस नुपेज जेल (थर्मो फिशर साइन्टिफिक, बेलायत)य् अलग याःगु ख। आरसी-एल सबयुनिटयात लोड व भिजुअलाइज यायेत कूमासी ब्रिलियन्ट ब्लू (बायो-रेड, युके) तयाः छगू जेलयात दाग तःगु खः । निगूगु जेलय् दूगु प्रोटिनयात इम्युनोएसेया निंतिं मेथनोल-एक्टिभेटेड पोलिभिनाइलाइडिन फ्लोराइड (पीभीडीएफ) मेम्ब्रेन (थर्मो फिशर साइन्टिफिक, युके)य् स्थानान्तरण याःगु खः । पीभीडीएफ झिल्लीयात ५० एमएम ट्रिस-एचसीएल (पीएच ७.६), १५० एमएम एनएसीएल, ०.२% (v / v) ट्वीन-२० व ५% (w / v) स्किम्ड दुरु पाउडरय् ब्लक यानातःगु ख, व अनंलि एन्टि-हिज प्राथमिक एन्टिबडी (in Dilute mHCl ७.६), १५० एमएम NaCl व ०.०५% (v/v) ट्वीन-२०] १:१००० ए१९०-११४ए, बेथाइल प्रयोगशाला, अमेरिका) ४ घण्टाया निंतिं तया। एन्टिबडी बफरय् ५ मिनेटया निंतिं ३ क्व: सिलेधुंका मेम्ब्रेनयात हर्सरेडिश पेरोक्सिडेज (सिग्मा-एल्ड्रिच, युके) एन्टि-माउस सेकेन्डरी एन्टिबडी (एन्टिबडी बफरय् १:१०,००० पातला याना) नापं स्वाना W. (साइनाजेन, इटली) व अमेरशाम इमेजर ६०० (जीई हेल्थकेयर, बेलायत) ।
प्रत्येक दागयुक्त जेल वा इम्युनोएसे लेनया तीव्रता वितरण चित्रण यानाः, शिखरया क्वय् च्वंगु क्षेत्रयात एकीकृत यानाः आरसी-एल (दागयुक्त जेल) व प्रोटिन-डब्लु (इम्युनोएसे)या तीव्रता अनुपातया गणना यानाः, इमेजजे (५७) य् छवियात प्रोसेस यानादिसँ। थ्व अनुपातयात शुद्ध आरसी-एलएच११४-डब्लु नमूनाय् आरसी-एल व प्रोटिन-डब्लुया अनुपात १:१ ख धकाः अनुमान याना व उकथं हे मुक्कं डाटा सेटयात सामान्यीकरण याना मोलर अनुपातय् हिलाबिल।
थुगु च्वसुया निंतिं पूरक सामाग्रीया निंतिं, http://एडभान्सेस.साइन्सम्याग.ओर्ग/सिजिआइ/कन्टेन्ट/फुल/७/३/इएबि२६३१/डिसि१ स्वयादिसँ ।
थ्व क्रिएटिभ कमन्स एट्रिब्यूशन लाइसेन्सया शर्त कथं वितरण यानातःगु खुल्ला पहुँच च्वसु खः । थ्व च्वसुइ मूल कृतियात बांलाक उद्धृत यायेगु शर्तय् छुं नं माध्यमय् अप्रतिबन्धित छ्येलेगु, वितरण व पुनरुत्पादन यायेगु अनुमति बियातःगु दु।
नोट : जिमिसं छितः छिगु इमेल एड्रेस बियादिसँ धकाः जक धायेगु यानाच्वना, गुकिं छिं पेजय् सिफारिस यानादीम्ह मनुखं छिं इमेल स्वयेगु इच्छा यानादीगु व स्पाम मखु धकाः सीके फइ । जिमिसं छुं नं इमेल एड्रेस काये मखु ।
छि आगन्तुक खः ला धकाः जाँच यायेत व स्वचालित स्पाम दुथ्याकेगु ज्यायात पनेगु निंतिं थुगु न्ह्यसः छ्यली ।
डेविड जे के स्वेन्सबरी, पार्क कियान, फिलिप जे जैक्सन, केटलिन एम फैरीज, डेरियस एम निड्जवीड्जकी, एलिजाबेथ सी मार्टिन, डेविड ए किसान, लोर्ना ए मेलोन, रेबेका एफ थॉम्पसन, नील ए रैनसन, डैनियल पी कैनिफ , मार्क जे डिकमैन, डेवी किटन ह्युटन, क्राइस्ट ह्युटन, क्राइस्ट ह्युटेन।
प्रतिक्रिया केन्द्रय् दूगु लाइट ट्र्याप १ कम्प्लेक्सया उच्च-रिजोलुसन संरचनां क्विनोन डाइनामिकया न्हुगु अन्तर्दृष्टि बी।
डेविड जे के स्वेन्सबरी, पार्क कियान, फिलिप जे जैक्सन, केटलिन एम फैरीज, डेरियस एम निड्जवीड्जकी, एलिजाबेथ सी मार्टिन, डेविड ए किसान, लोर्ना ए मेलोन, रेबेका एफ थॉम्पसन, नील ए रैनसन, डैनियल पी कैनिफ , मार्क जे डिकमैन, डेवी किटन ह्युटन, क्राइस्ट ह्युटन, क्राइस्ट ह्युटेन।
प्रतिक्रिया केन्द्रय् दूगु लाइट ट्र्याप १ कम्प्लेक्सया उच्च-रिजोलुसन संरचनां क्विनोन डाइनामिकया न्हुगु अन्तर्दृष्टि बी।
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